116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_4260 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 119 aa  224  5.0000000000000005e-58  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  57.78 
 
 		 148 aa  85.9  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  59.72 
 
 		 115 aa  82.4  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  64.62 
 
 		 135 aa  82.4  0.000000000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  52.63 
 
 		 104 aa  82  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 		 110 aa  82  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  50.5 
 
 		 127 aa  81.6  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  66.15 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 103 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 104 aa  79  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  57.97 
 
 		 112 aa  79  0.00000000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 228 aa  78.6  0.00000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  61.54 
 
 		 179 aa  78.2  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  53.85 
 
 		 116 aa  78.2  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  59.42 
 
 		 104 aa  77.8  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  65.15 
 
 		 260 aa  77.8  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 		 191 aa  77.8  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  56.94 
 
 		 150 aa  77.8  0.00000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  57.53 
 
 		 106 aa  77.8  0.00000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  60 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  56.94 
 
 		 150 aa  77  0.00000000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  51.16 
 
 		 89 aa  76.6  0.00000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  62.69 
 
 		 101 aa  76.6  0.0000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  64.62 
 
 		 138 aa  76.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  58.33 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  58.33 
 
 		 122 aa  76.3  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  62.12 
 
 		 250 aa  75.9  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  52.08 
 
 		 119 aa  75.1  0.0000000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  54.17 
 
 		 116 aa  74.3  0.0000000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 119 aa  74.3  0.0000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  54.17 
 
 		 158 aa  73.9  0.0000000000007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  52.78 
 
 		 109 aa  73.6  0.0000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  51.06 
 
 		 108 aa  73.6  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 114 aa  73.6  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 99 aa  72.4  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 104 aa  72  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 120 aa  70.9  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 245 aa  70.5  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  60.61 
 
 		 142 aa  67.8  0.00000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  50 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  50 
 
 		 108 aa  66.2  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  47.44 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  55.88 
 
 		 101 aa  63.2  0.000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  55.56 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  56.94 
 
 		 153 aa  61.6  0.000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  47.76 
 
 		 154 aa  57.4  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 118 aa  57.8  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  52.11 
 
 		 118 aa  57  0.00000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  60.78 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  46.48 
 
 		 116 aa  54.7  0.0000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 169 aa  52.4  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  42.65 
 
 		 162 aa  50.8  0.000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  36.84 
 
 		 215 aa  48.5  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 170 aa  47  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  37.88 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  39.06 
 
 		 141 aa  45.8  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5317  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 192 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221767  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5543  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 192 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.827143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4729  XRE family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 192 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 140 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 128 aa  44.3  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 232 aa  43.9  0.0008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 175 aa  43.9  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 234 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1035  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 179 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000017846  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3149  putative transcription regulator protein  37.68 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.369647 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  36.23 
 
 		 188 aa  42.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 193 aa  42.4  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 277 aa  42.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 268 aa  42.4  0.002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 284 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 188 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  34.85 
 
 		 117 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3551  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 196 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 140 aa  42  0.003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 192 aa  41.6  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 192 aa  41.6  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 186 aa  42  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01840  transcriptional regulator, XRE family  27.66 
 
 		 182 aa  42  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6574  transcriptional regulator, XRE family  34.62 
 
 		 227 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0448941 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  28.57 
 
 		 195 aa  41.6  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 161 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 161 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 161 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5637  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 227 aa  41.2  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.76756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 225 aa  41.6  0.004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 274 aa  41.6  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 262 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  38.57 
 
 		 218 aa  41.2  0.005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>