138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_23240 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 109 aa  208  2e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  90.22 
 
 		 120 aa  160  6e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  75.44 
 
 		 114 aa  158  2e-38  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  90 
 
 		 99 aa  154  3e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  79.38 
 
 		 119 aa  150  5.9999999999999996e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  81.32 
 
 		 116 aa  149  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  83.7 
 
 		 104 aa  147  5e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  78.02 
 
 		 101 aa  140  6e-33  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  73.63 
 
 		 101 aa  131  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  69.31 
 
 		 119 aa  118  3e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  78.75 
 
 		 179 aa  116  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  75.64 
 
 		 127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  69.62 
 
 		 89 aa  110  9e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  58.76 
 
 		 108 aa  110  9e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  74.36 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  69.77 
 
 		 150 aa  108  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  68.6 
 
 		 150 aa  107  7.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 106 aa  105  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 110 aa  102  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  55.56 
 
 		 134 aa  101  3e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  70 
 
 		 104 aa  99.8  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  76.92 
 
 		 118 aa  98.2  3e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  69.86 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  67.61 
 
 		 158 aa  94  6e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  68.57 
 
 		 135 aa  93.6  9e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  64.2 
 
 		 112 aa  93.2  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  70 
 
 		 138 aa  92.8  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  63.38 
 
 		 245 aa  91.3  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  68.18 
 
 		 116 aa  89  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  56.04 
 
 		 91 aa  86.3  1e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  53.76 
 
 		 250 aa  85.5  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 260 aa  84.3  5e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  70.67 
 
 		 153 aa  84  6e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 228 aa  83.2  0.000000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 191 aa  82.4  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  60.29 
 
 		 115 aa  79  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  46.39 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  63.16 
 
 		 169 aa  71.6  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  63.16 
 
 		 108 aa  65.1  0.0000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  46.75 
 
 		 104 aa  61.2  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  46.67 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 		 101 aa  57  0.00000008  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  38.03 
 
 		 192 aa  51.6  0.000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  46.05 
 
 		 142 aa  50.8  0.000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 171 aa  48.1  0.00003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  39.39 
 
 		 215 aa  48.1  0.00004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 198 aa  47.8  0.00005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 116 aa  47.4  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 192 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 225 aa  47  0.00009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  31.87 
 
 		 117 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 145 aa  45.8  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 325 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 197 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0503  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 194 aa  45.1  0.0003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0483553 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 252 aa  45.1  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 198 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 107 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 194 aa  44.7  0.0005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 175 aa  44.7  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 183 aa  44.3  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  40.58 
 
 		 124 aa  43.9  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  38.33 
 
 		 188 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 162 aa  43.9  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 182 aa  43.5  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 170 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 233 aa  43.1  0.001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  35.38 
 
 		 255 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 181 aa  43.5  0.001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 189 aa  43.5  0.001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4177  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  36.21 
 
 		 283 aa  43.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 204 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 234 aa  42.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 277 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 255 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  37.31 
 
 		 218 aa  42.7  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 212 aa  42  0.003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 232 aa  42  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3060  SH3 type 3 domain-containing protein  35.23 
 
 		 293 aa  42  0.003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 115 aa  42  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>