151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_1208 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 106 aa  199  8e-51  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  87.91 
 
 		 103 aa  149  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  69.31 
 
 		 150 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  75.86 
 
 		 150 aa  124  3e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  69.57 
 
 		 127 aa  111  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  63.16 
 
 		 119 aa  111  3e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  75.95 
 
 		 119 aa  110  6e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  73.42 
 
 		 122 aa  109  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  74.36 
 
 		 104 aa  106  8.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  75.64 
 
 		 120 aa  106  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  74.36 
 
 		 109 aa  105  2e-22  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  75.64 
 
 		 99 aa  105  3e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  74.36 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  59.41 
 
 		 116 aa  103  5e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 110 aa  101  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 116 aa  100  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  73.08 
 
 		 134 aa  100  7e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  68.24 
 
 		 119 aa  100  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  58.1 
 
 		 191 aa  99  2e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  65.52 
 
 		 89 aa  98.2  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  64.77 
 
 		 228 aa  98.2  3e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  74.65 
 
 		 179 aa  98.2  4e-20  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  74.7 
 
 		 118 aa  97.8  4e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  65.38 
 
 		 101 aa  97.1  7e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  58.88 
 
 		 250 aa  96.7  9e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  75.68 
 
 		 101 aa  96.3  1e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  58.51 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  58.51 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  58.51 
 
 		 104 aa  95.5  2e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  66.2 
 
 		 245 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  58.51 
 
 		 104 aa  94.4  5e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 135 aa  94  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 260 aa  92  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  70 
 
 		 91 aa  91.7  3e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  50.94 
 
 		 108 aa  91.7  4e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  56.67 
 
 		 158 aa  90.9  6e-18  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  68.49 
 
 		 138 aa  90.5  6e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  71.62 
 
 		 153 aa  82  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  50 
 
 		 112 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  57.53 
 
 		 119 aa  77.8  0.00000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  60.29 
 
 		 115 aa  77.4  0.00000000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 127 aa  75.5  0.0000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  54.12 
 
 		 108 aa  74.7  0.0000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  65.33 
 
 		 169 aa  74.3  0.0000000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  52.78 
 
 		 104 aa  66.2  0.0000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  46.32 
 
 		 101 aa  63.9  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  48.61 
 
 		 148 aa  62.8  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 154 aa  59.3  0.00000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 		 99 aa  56.6  0.0000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  48.24 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  39.76 
 
 		 192 aa  47.8  0.00005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  42.03 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  52.94 
 
 		 140 aa  47.4  0.00006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 145 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 197 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 		 218 aa  46.6  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 101 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 259 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 259 aa  45.4  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 184 aa  45.4  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 225 aa  45.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 197 aa  45.4  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 259 aa  45.4  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 200 aa  45.4  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  40 
 
 		 230 aa  44.7  0.0004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  44.3  0.0005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 197 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  40 
 
 		 215 aa  44.7  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2246  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 197 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 189 aa  44.3  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 236 aa  43.9  0.0008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 269 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  40.74 
 
 		 175 aa  43.5  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  33.85 
 
 		 180 aa  43.5  0.0009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 156 aa  43.5  0.0009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  32.84 
 
 		 209 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.84 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 236 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 190 aa  42.7  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 181 aa  43.1  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 170 aa  43.1  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 271 aa  43.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 191 aa  43.5  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  42.7  0.002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  39.39 
 
 		 191 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  32.26 
 
 		 195 aa  42.7  0.002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 162 aa  42.7  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1533  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1723  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0900931  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  39.39 
 
 		 179 aa  42.4  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 225 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 165 aa  42.7  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>