157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_25140 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 158 aa  305  2.0000000000000002e-82  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  52.8 
 
 		 138 aa  138  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  55.56 
 
 		 116 aa  95.9  2e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  67.14 
 
 		 135 aa  94.4  6e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  67.61 
 
 		 109 aa  94  8e-19  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 104 aa  94  8e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 104 aa  94  8e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  58.75 
 
 		 104 aa  94  8e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  69.12 
 
 		 91 aa  93.6  9e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  69.01 
 
 		 114 aa  93.6  9e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  59.57 
 
 		 127 aa  92.8  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  65.71 
 
 		 110 aa  91.7  4e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  68.12 
 
 		 101 aa  90.9  6e-18  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  56.67 
 
 		 106 aa  90.9  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  65.71 
 
 		 120 aa  90.9  7e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  64.29 
 
 		 104 aa  90.5  8e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  65.28 
 
 		 119 aa  90.1  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  61.33 
 
 		 116 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  67.14 
 
 		 99 aa  89.7  1e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  63.16 
 
 		 134 aa  89.7  1e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  66.67 
 
 		 179 aa  90.1  1e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  61.33 
 
 		 119 aa  89.7  1e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  64.79 
 
 		 119 aa  89.4  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  54.35 
 
 		 108 aa  89.4  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  62.86 
 
 		 122 aa  87.8  5e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  62.16 
 
 		 103 aa  87.4  6e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  63.38 
 
 		 104 aa  87.4  8e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  50.49 
 
 		 150 aa  86.3  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  60 
 
 		 112 aa  86.7  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  60.24 
 
 		 150 aa  84.7  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  53.75 
 
 		 101 aa  84.3  5e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  57.14 
 
 		 89 aa  82.8  0.000000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  63.89 
 
 		 118 aa  79.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  59.09 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  57.75 
 
 		 260 aa  77  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  66.22 
 
 		 153 aa  76.3  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  48.89 
 
 		 250 aa  75.5  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 228 aa  75.5  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 191 aa  75.1  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 119 aa  74.3  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  54.41 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  55.88 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  48.86 
 
 		 101 aa  67.4  0.00000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 127 aa  67.4  0.00000000007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  52.05 
 
 		 104 aa  62.4  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 169 aa  63.2  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 99 aa  59.7  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  55.56 
 
 		 142 aa  57.8  0.00000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  45.83 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  45.21 
 
 		 148 aa  55.5  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  46.38 
 
 		 118 aa  53.9  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  42.67 
 
 		 182 aa  53.1  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 		 170 aa  53.5  0.000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 192 aa  52.4  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  38.95 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 232 aa  48.5  0.00003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  42.48 
 
 		 140 aa  48.9  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1469  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 201 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.978322 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 281 aa  47.8  0.00005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1729  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 195 aa  47  0.00009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114176  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 225 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 269 aa  46.2  0.0002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 175 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 286 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 197 aa  45.8  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 171 aa  45.4  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 223 aa  45.1  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 271 aa  45.4  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 259 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 259 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 259 aa  45.1  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  30.43 
 
 		 156 aa  44.7  0.0005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 252 aa  44.7  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 233 aa  44.7  0.0005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 256 aa  44.7  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 189 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4522  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0681879  normal  0.0291061 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  44.7  0.0006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  44.7  0.0006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 107 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  44.7  0.0006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 488 aa  44.3  0.0006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 218 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 255 aa  44.7  0.0006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 128 aa  44.3  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  33.33 
 
 		 107 aa  44.7  0.0006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 277 aa  44.3  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 198 aa  43.9  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 325 aa  43.9  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  45 
 
 		 504 aa  43.9  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0766  helix-turn-helix domain protein  38.1 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.494379  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0198  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 109 aa  43.5  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 197 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  33.85 
 
 		 75 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>