218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_2325 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 89 aa  167  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  78.21 
 
 		 119 aa  117  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  76.92 
 
 		 127 aa  116  9.999999999999999e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  66.28 
 
 		 119 aa  112  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  66.28 
 
 		 116 aa  112  2.0000000000000002e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  67.82 
 
 		 104 aa  111  4.0000000000000004e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  64.77 
 
 		 114 aa  110  5e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  75.64 
 
 		 119 aa  110  5e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  72.15 
 
 		 120 aa  110  5e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 122 aa  110  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  69.62 
 
 		 109 aa  110  9e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  63.64 
 
 		 99 aa  106  1e-22  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  67.9 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  68.35 
 
 		 101 aa  105  2e-22  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  69.62 
 
 		 179 aa  104  5e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  76.92 
 
 		 118 aa  103  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  66.23 
 
 		 110 aa  101  4e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  67.95 
 
 		 150 aa  98.6  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  65.52 
 
 		 106 aa  98.2  3e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  63.64 
 
 		 104 aa  97.1  7e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  67.61 
 
 		 245 aa  95.9  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 150 aa  95.5  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 		 103 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  55.29 
 
 		 108 aa  95.1  3e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 104 aa  94  6e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 104 aa  94  6e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  59.52 
 
 		 104 aa  94  6e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  61.64 
 
 		 116 aa  89.7  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  66.2 
 
 		 134 aa  88.2  3e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  60.53 
 
 		 112 aa  88.2  3e-17  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  67.95 
 
 		 153 aa  86.3  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 228 aa  84.3  5e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  59.72 
 
 		 191 aa  83.6  8e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  53.41 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  57.14 
 
 		 158 aa  82.8  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  56.1 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  54.29 
 
 		 91 aa  78.2  0.00000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 250 aa  78.2  0.00000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  58.21 
 
 		 260 aa  77.8  0.00000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  60.29 
 
 		 115 aa  77.8  0.00000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  51.16 
 
 		 119 aa  77  0.00000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  60 
 
 		 127 aa  72.8  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  54.69 
 
 		 101 aa  68.2  0.00000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  60.87 
 
 		 169 aa  63.9  0.0000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  57.89 
 
 		 108 aa  62.4  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  51.56 
 
 		 118 aa  61.6  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 99 aa  60.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  42.47 
 
 		 148 aa  58.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  48.39 
 
 		 171 aa  56.6  0.0000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 154 aa  55.1  0.0000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  44.93 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 220 aa  52.4  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  44.93 
 
 		 104 aa  52.4  0.000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  42.42 
 
 		 255 aa  52  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1035  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 159 aa  51.2  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 192 aa  51.2  0.000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 131 aa  49.7  0.00001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 201 aa  49.7  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 255 aa  49.7  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  45.16 
 
 		 197 aa  48.9  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 505 aa  48.9  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4177  XRE family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 106 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 107 aa  49.3  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  35.94 
 
 		 107 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 191 aa  48.5  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 107 aa  48.1  0.00003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  35.94 
 
 		 107 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  42.86 
 
 		 230 aa  48.1  0.00004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  49.18 
 
 		 300 aa  48.1  0.00004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  39.24 
 
 		 197 aa  47.8  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  37.5 
 
 		 75 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 252 aa  47.8  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 140 aa  47.4  0.00006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  32.91 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 191 aa  47.4  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 145 aa  47.8  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  38.46 
 
 		 489 aa  47.4  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  32.91 
 
 		 500 aa  47.4  0.00007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 198 aa  47.4  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 204 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_013207  Aaci_3063  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 201 aa  46.2  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  35.8 
 
 		 112 aa  46.2  0.0001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 478 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 325 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  34.29 
 
 		 212 aa  46.6  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  32.91 
 
 		 496 aa  46.6  0.0001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  43.24 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  42.03 
 
 		 124 aa  45.8  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 197 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 256 aa  46.2  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  40.68 
 
 		 232 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  45 
 
 		 219 aa  45.8  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>