117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_4898 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
127 aa  244  3e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  68.57 
 
 
260 aa  95.1  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  71.21 
 
 
228 aa  91.7  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  71.21 
 
 
191 aa  91.3  5e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  68.18 
 
 
250 aa  85.1  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  48.48 
 
 
108 aa  84.3  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  65.15 
 
 
104 aa  84  7e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  66.15 
 
 
110 aa  83.6  9e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  60.87 
 
 
115 aa  83.2  0.000000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  64.62 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  64.62 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  64.62 
 
 
104 aa  83.2  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  64.62 
 
 
119 aa  82.4  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  61.54 
 
 
116 aa  81.3  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  48.96 
 
 
127 aa  81.6  0.000000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  50.47 
 
 
112 aa  80.5  0.000000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  58.11 
 
 
101 aa  79.7  0.00000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  51.06 
 
 
119 aa  78.6  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  52.33 
 
 
119 aa  78.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
122 aa  78.6  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  58.67 
 
 
101 aa  78.2  0.00000000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  58.82 
 
 
135 aa  77.8  0.00000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 
103 aa  75.9  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  53.33 
 
 
108 aa  75.9  0.0000000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 
106 aa  75.1  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  63.08 
 
 
138 aa  74.7  0.0000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  45.63 
 
 
104 aa  74.3  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  52 
 
 
116 aa  73.6  0.0000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  59.09 
 
 
148 aa  73.6  0.0000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  63.08 
 
 
150 aa  73.2  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  52 
 
 
119 aa  73.2  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
114 aa  73.2  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  60 
 
 
89 aa  72.8  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  46.39 
 
 
109 aa  72.8  0.000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  56.34 
 
 
179 aa  71.6  0.000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  61.54 
 
 
150 aa  72  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 
245 aa  71.6  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  54.55 
 
 
91 aa  71.6  0.000000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  46.32 
 
 
120 aa  70.9  0.000000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  57.53 
 
 
104 aa  70.1  0.000000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  47.78 
 
 
99 aa  70.1  0.00000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  51.43 
 
 
101 aa  68.9  0.00000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  53.85 
 
 
158 aa  67.4  0.00000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  54.65 
 
 
118 aa  66.6  0.0000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 
154 aa  65.1  0.0000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  53.85 
 
 
134 aa  62.4  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  56.34 
 
 
169 aa  59.7  0.00000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 
118 aa  59.7  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  58.49 
 
 
142 aa  56.6  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  57.58 
 
 
153 aa  55.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  46.67 
 
 
99 aa  54.7  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 
145 aa  53.1  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  65.22 
 
 
140 aa  53.1  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  33.01 
 
 
212 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  57.81 
 
 
118 aa  52.4  0.000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  38.75 
 
 
115 aa  52  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  38.38 
 
 
116 aa  51.2  0.000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  42.31 
 
 
124 aa  49.7  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 
170 aa  49.7  0.00001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
140 aa  48.9  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  26 
 
 
213 aa  48.9  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  44.07 
 
 
325 aa  48.9  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 
130 aa  48.5  0.00003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 
208 aa  48.1  0.00004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 
220 aa  47.8  0.00005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 
130 aa  47.4  0.00006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 
255 aa  47.4  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  30.69 
 
 
200 aa  47  0.00008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 
277 aa  46.2  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
128 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
156 aa  46.6  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 
183 aa  45.8  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  38.57 
 
 
156 aa  45.8  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
175 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
161 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 
233 aa  45.4  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
161 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
161 aa  45.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 
182 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 
124 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
162 aa  45.4  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  41.07 
 
 
191 aa  44.7  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 
176 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 
130 aa  44.7  0.0004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  40.3 
 
 
165 aa  45.1  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
191 aa  44.3  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 
191 aa  44.3  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3659  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 
128 aa  44.7  0.0005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.391703  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0773  helix-turn-helix domain protein  45.45 
 
 
141 aa  44.7  0.0005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  34.67 
 
 
140 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 
256 aa  43.9  0.0007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
252 aa  43.9  0.0008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 
491 aa  43.9  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 
191 aa  43.9  0.0008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0716  transcriptional regulator  38.24 
 
 
464 aa  43.5  0.0009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.582865  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 
198 aa  43.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  36.11 
 
 
255 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 
505 aa  43.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
201 aa  42.4  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 
145 aa  42.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>