161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2198 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 116 aa  223  6e-58  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  59.05 
 
 		 91 aa  115  1.9999999999999998e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 104 aa  110  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 104 aa  110  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 104 aa  110  8.000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 110 aa  108  3e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  59.8 
 
 		 104 aa  105  2e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  69.62 
 
 		 103 aa  101  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  65.43 
 
 		 106 aa  100  7e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  58.33 
 
 		 119 aa  99.4  1e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  64.56 
 
 		 135 aa  99.8  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  75 
 
 		 138 aa  99.8  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  57.14 
 
 		 112 aa  98.2  3e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  71.23 
 
 		 134 aa  96.3  1e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  76.92 
 
 		 101 aa  95.5  2e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  55.56 
 
 		 158 aa  95.9  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  65.82 
 
 		 122 aa  95.1  3e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  65.38 
 
 		 119 aa  94.4  5e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  63.29 
 
 		 127 aa  94  6e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  71.21 
 
 		 116 aa  93.2  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  66.18 
 
 		 245 aa  92  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  71.21 
 
 		 119 aa  92.8  2e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  71.21 
 
 		 120 aa  90.9  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  58.14 
 
 		 99 aa  90.5  7e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  53.12 
 
 		 104 aa  90.1  8e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  55.91 
 
 		 114 aa  89.7  1e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  61.64 
 
 		 89 aa  89.7  1e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  68.18 
 
 		 109 aa  89  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  61.64 
 
 		 150 aa  87.4  5e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  69.7 
 
 		 179 aa  87.8  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 150 aa  87.4  5e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  61.76 
 
 		 108 aa  87  8e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  65.15 
 
 		 101 aa  86.3  1e-16  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 228 aa  86.3  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  59.72 
 
 		 115 aa  85.5  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  60.53 
 
 		 191 aa  85.5  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  60 
 
 		 260 aa  84  7e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  61.54 
 
 		 127 aa  81.3  0.000000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  63.08 
 
 		 250 aa  81.3  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  65 
 
 		 118 aa  79.7  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  58.46 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  59.38 
 
 		 101 aa  70.1  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  65.22 
 
 		 153 aa  69.3  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  47.44 
 
 		 118 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 99 aa  65.5  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  67.19 
 
 		 169 aa  63.9  0.0000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  45.57 
 
 		 116 aa  62.8  0.000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  54.69 
 
 		 104 aa  61.6  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  47.3 
 
 		 148 aa  60.8  0.000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  59.26 
 
 		 142 aa  58.5  0.00000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  48.44 
 
 		 154 aa  57.8  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 140 aa  50.8  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 255 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  41.35 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  36.76 
 
 		 110 aa  47.4  0.00007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 197 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  46.6  0.0001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  34.91 
 
 		 200 aa  46.6  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 184 aa  46.2  0.0001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 255 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3493  XRE family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 197 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 197 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 189 aa  46.2  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1558  cupin 2 domain-containing protein  32.35 
 
 		 180 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  43.14 
 
 		 283 aa  46.2  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  34.72 
 
 		 175 aa  45.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3134  DNA-binding protein  36.92 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  29.33 
 
 		 496 aa  45.4  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  41.27 
 
 		 414 aa  45.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2559  XRE family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 176 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  36.49 
 
 		 197 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 145 aa  45.1  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 269 aa  44.7  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 281 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 205 aa  44.3  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  28 
 
 		 500 aa  44.3  0.0006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 170 aa  44.3  0.0006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 171 aa  43.9  0.0007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 191 aa  43.9  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 325 aa  43.9  0.0008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  34.15 
 
 		 87 aa  43.9  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  37.14 
 
 		 156 aa  43.5  0.0009  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 162 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 183 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0107  XRE family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  32.81 
 
 		 67 aa  43.1  0.001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 218 aa  42.7  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2305  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0843666 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 219 aa  43.1  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 115 aa  43.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4506  XRE family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 189 aa  43.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.690344  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3184  transcriptional regulator, XRE family  30.39 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 252 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>