113 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_10510 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  100 
 
 		 101 aa  195  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  72.04 
 
 		 114 aa  134  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  75.86 
 
 		 104 aa  132  9.999999999999999e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  73.33 
 
 		 120 aa  132  9.999999999999999e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  73.63 
 
 		 109 aa  131  3e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  70.45 
 
 		 116 aa  128  3e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  70.45 
 
 		 119 aa  128  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  66.67 
 
 		 99 aa  128  3e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  67.39 
 
 		 101 aa  125  1.0000000000000001e-28  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  58.56 
 
 		 119 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  73.08 
 
 		 127 aa  112  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  58.59 
 
 		 108 aa  110  9e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  56.14 
 
 		 119 aa  108  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  67.9 
 
 		 89 aa  105  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  71.79 
 
 		 122 aa  105  2e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  68.75 
 
 		 179 aa  101  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  65 
 
 		 150 aa  99.8  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  74.36 
 
 		 118 aa  98.6  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  63.75 
 
 		 150 aa  98.2  3e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  56.7 
 
 		 110 aa  97.1  8e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  65.38 
 
 		 106 aa  97.1  8e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  64.1 
 
 		 103 aa  95.9  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  59.14 
 
 		 112 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 104 aa  92  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 104 aa  92  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  52.48 
 
 		 104 aa  92  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  53.47 
 
 		 104 aa  91.7  3e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  60.76 
 
 		 138 aa  90.1  9e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  65.15 
 
 		 116 aa  86.3  1e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  64.79 
 
 		 245 aa  85.5  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  53.75 
 
 		 158 aa  84.3  5e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 135 aa  84  6e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  64.79 
 
 		 134 aa  82.4  0.000000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  58.67 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  57.69 
 
 		 115 aa  77  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 91 aa  75.5  0.0000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 228 aa  72.8  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  49.04 
 
 		 250 aa  72  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 191 aa  72  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  60.56 
 
 		 169 aa  68.2  0.00000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 119 aa  67.8  0.00000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 260 aa  67.8  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  59.49 
 
 		 153 aa  67.8  0.00000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  45.68 
 
 		 148 aa  67.4  0.00000000006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  62.07 
 
 		 108 aa  66.6  0.0000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  50.68 
 
 		 104 aa  62.8  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  38.75 
 
 		 154 aa  56.6  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 101 aa  55.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 99 aa  54.7  0.0000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 116 aa  53.9  0.0000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  47.5 
 
 		 142 aa  53.9  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 184 aa  50.1  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  45.9 
 
 		 118 aa  50.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  48.5  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  28.77 
 
 		 181 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 325 aa  47  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 183 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  29.17 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  29.17 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  37.04 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  39.29 
 
 		 283 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 191 aa  45.4  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 181 aa  45.4  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 194 aa  45.1  0.0003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 192 aa  45.4  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 108 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  40 
 
 		 197 aa  44.7  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 191 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 200 aa  44.3  0.0006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  63.16 
 
 		 140 aa  43.9  0.0007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 187 aa  43.9  0.0007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0638  putative transcriptional regulator  28.21 
 
 		 184 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2416  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3030  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2559  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 176 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 277 aa  43.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  39.34 
 
 		 215 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3049  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 259 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0258201 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 201 aa  43.5  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 218 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 165 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 225 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 286 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 252 aa  41.6  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06970  Cro/CI family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 184 aa  42  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 		 255 aa  42  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  36.67 
 
 		 188 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  35.59 
 
 		 212 aa  41.6  0.004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3075  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 269 aa  41.6  0.004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 213 aa  41.6  0.004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 185 aa  41.2  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3025  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 281 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.925102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2941  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 271 aa  41.2  0.005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0631546  normal  0.420407 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>