131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5797 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 138 aa  263  5.999999999999999e-70  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  55.28 
 
 		 158 aa  142  1e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  79.41 
 
 		 104 aa  104  3e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  79.41 
 
 		 104 aa  104  3e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  79.41 
 
 		 104 aa  104  3e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  76.81 
 
 		 110 aa  101  3e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  44.7 
 
 		 135 aa  100  5e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  75.36 
 
 		 104 aa  100  9e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  75 
 
 		 116 aa  99.8  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  72.06 
 
 		 112 aa  96.3  1e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  58 
 
 		 114 aa  94.4  4e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  55.32 
 
 		 119 aa  94.7  4e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  54.55 
 
 		 101 aa  94.7  4e-19  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  54.05 
 
 		 120 aa  94.4  5e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  74.24 
 
 		 179 aa  94  5e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  59.79 
 
 		 119 aa  93.6  8e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  52.73 
 
 		 109 aa  93.2  1e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  62.5 
 
 		 116 aa  93.2  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  69.12 
 
 		 91 aa  92  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  71.43 
 
 		 99 aa  92.4  2e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 122 aa  91.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 103 aa  90.5  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  70 
 
 		 119 aa  90.5  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  68.49 
 
 		 106 aa  90.5  7e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  60.76 
 
 		 101 aa  90.1  8e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  71.43 
 
 		 127 aa  90.1  9e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 191 aa  90.1  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  56.86 
 
 		 150 aa  88.2  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  71.43 
 
 		 150 aa  88.6  3e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  61.25 
 
 		 104 aa  88.2  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  62.34 
 
 		 134 aa  87.8  5e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  65.71 
 
 		 108 aa  87.4  5e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  65.15 
 
 		 245 aa  83.2  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  51.18 
 
 		 118 aa  82.4  0.000000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  61.43 
 
 		 89 aa  81.6  0.000000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  53.76 
 
 		 119 aa  80.1  0.000000000000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  67.69 
 
 		 228 aa  76.6  0.0000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  60.56 
 
 		 260 aa  75.5  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  63.08 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  63.08 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  60.29 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  56 
 
 		 115 aa  72.4  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  69.7 
 
 		 153 aa  69.7  0.00000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  62.67 
 
 		 169 aa  67.8  0.00000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  51.39 
 
 		 101 aa  64.3  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  55.07 
 
 		 104 aa  62  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  61.11 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 99 aa  58.9  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 148 aa  58.5  0.00000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  44.57 
 
 		 154 aa  58.2  0.00000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  47.22 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4622  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 170 aa  51.2  0.000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.759922  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3701  transcriptional regulator, XRE family  53.85 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.831068 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  33.62 
 
 		 215 aa  48.5  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 182 aa  48.9  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  51.56 
 
 		 118 aa  48.1  0.00004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 225 aa  47.8  0.00005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1434  transcriptional regulator, XRE family  43.33 
 
 		 232 aa  47.4  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.887851  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1663  DNA-binding protein  31.78 
 
 		 185 aa  47  0.00009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 171 aa  46.2  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0508  transcriptional activator (transcriptional regulator)  31.76 
 
 		 423 aa  45.4  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0510  transcriptional activator (transcriptional regulator)  31.76 
 
 		 423 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.924451  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 197 aa  45.8  0.0002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1027  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 223 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.944907 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  43.08 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0514  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 426 aa  44.7  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2272  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30 
 
 		 201 aa  44.3  0.0005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.306888  normal  0.104106 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3469  XRE family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 197 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6774  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 128 aa  44.3  0.0006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.314572  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 286 aa  43.9  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0847  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 191 aa  43.9  0.0007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 192 aa  43.9  0.0007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02480  Helix-turn-helix protein  35.48 
 
 		 156 aa  43.9  0.0007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.251654  normal  0.974666 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0067  XRE family transcriptional regulator  37.78 
 
 		 233 aa  43.9  0.0008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0665  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 425 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2581  DNA-binding protein  30 
 
 		 209 aa  43.5  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0566  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 422 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0597  transcriptional regulator  36.07 
 
 		 422 aa  43.5  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  40.32 
 
 		 428 aa  43.1  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6157  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 277 aa  42.7  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.540338  normal  0.674007 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0512  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 419 aa  43.5  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1733  XRE family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 222 aa  43.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000886349 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3248  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 110 aa  43.1  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0725  transcriptional activator  36.07 
 
 		 419 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0636  transcriptional activator  36.07 
 
 		 423 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4702  transcriptional activator  36.07 
 
 		 419 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00084826 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0654  DNA-binding protein  36.07 
 
 		 424 aa  43.1  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000206988 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4032  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.45676  normal  0.0335955 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5158  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 198 aa  43.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.503819  normal  0.690311 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  33.62 
 
 		 300 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 325 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  33.67 
 
 		 204 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  35.82 
 
 		 255 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 175 aa  42.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1876  XRE family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0965  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 191 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 255 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2245  Cro/CI family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 197 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.492638  normal  0.683994 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 252 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 129 aa  42  0.003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>