154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xcel_1238 on replicon NC_013530
Organism: Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013530  Xcel_1238  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 114 aa  218  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1539  transcriptional regulator, XRE family  77.5 
 
 		 120 aa  170  5e-42  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12851  normal  0.11889 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23240  Helix-turn-helix protein  75.44 
 
 		 109 aa  158  2e-38  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0729263  normal  0.0373097 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1037  transcriptional regulator, XRE family  89.01 
 
 		 99 aa  158  2e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1457  XRE family transcriptional regulator  77.32 
 
 		 116 aa  152  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00956808  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1459  transcriptional regulator, XRE family  81.11 
 
 		 119 aa  151  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000265254 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2455  transcriptional regulator, XRE family  81.52 
 
 		 104 aa  149  1e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07210  Helix-turn-helix protein  74.73 
 
 		 101 aa  136  7e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.217016  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10510  Helix-turn-helix protein  72.04 
 
 		 101 aa  134  4e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0798  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  71.58 
 
 		 119 aa  122  1e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.529915  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3303  transcriptional regulator, XRE family  78.21 
 
 		 127 aa  117  6e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0158159  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1487  helix-turn-helix domain protein  80 
 
 		 179 aa  115  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.735589  normal  0.4627 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17970  Helix-turn-helix protein  62.5 
 
 		 108 aa  113  7.999999999999999e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.162477  normal  0.719261 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2176  putative transcriptional regulator, XRE family  76.92 
 
 		 119 aa  111  4.0000000000000004e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  64.77 
 
 		 89 aa  110  5e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.665096  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1098  XRE family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 122 aa  110  6e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.380138  normal  0.0621931 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  68.6 
 
 		 150 aa  105  2e-22  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.277192 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1208  XRE family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 106 aa  104  5e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00990984  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1357  XRE family transcriptional regulator  67.44 
 
 		 150 aa  103  6e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.181997  hitchhiker  0.000155251 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2397  XRE family transcriptional regulator  67.06 
 
 		 110 aa  102  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00284023 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3537  XRE family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 103 aa  100  6e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.202101 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3988  XRE family transcriptional regulator  68.29 
 
 		 104 aa  99  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.475712  normal  0.319411 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  65.06 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  65.06 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  65.06 
 
 		 104 aa  97.8  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0654  transcriptional regulator, XRE family  78.21 
 
 		 118 aa  97.4  6e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.213362  normal  0.631068 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12758  transcriptional regulator  65.85 
 
 		 112 aa  97.1  8e-20  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000234539  normal  0.119719 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  71.43 
 
 		 135 aa  96.7  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3937  helix-turn-helix domain protein  65.82 
 
 		 134 aa  94.7  4e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7081  transcriptional regulator, XRE family  66.2 
 
 		 245 aa  94  7e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.642165 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25140  Helix-turn-helix protein  69.01 
 
 		 158 aa  93.6  8e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5797  helix-turn-helix domain protein  65 
 
 		 138 aa  93.2  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2198  helix-turn-helix domain protein  55.91 
 
 		 116 aa  89.7  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1777  helix-turn-helix domain protein  59.76 
 
 		 91 aa  87.4  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0696  XRE family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 228 aa  84  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0643  XRE family transcriptional regulator  65.28 
 
 		 191 aa  83.6  9e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.605698  hitchhiker  0.00857355 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4259  helix-turn-helix domain-containing protein  70.67 
 
 		 153 aa  82  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0867385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4921  XRE family transcriptional regulator  55.95 
 
 		 260 aa  81.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.320603  hitchhiker  0.00542326 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2772  XRE family transcriptional regulator  52.17 
 
 		 250 aa  79.7  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0221  transcriptional regulator, XRE family  57.89 
 
 		 115 aa  78.2  0.00000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4260  transcriptional regulator, XRE family  54.17 
 
 		 119 aa  73.9  0.0000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.34478  normal  0.429613 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4898  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.680756  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0282  Xre family transcriptional regulator  64.47 
 
 		 169 aa  70.1  0.00000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00774991  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0211  transcriptional regulator, XRE family  64.91 
 
 		 108 aa  68.2  0.00000000004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5209  transcriptional regulator, XRE family  48.15 
 
 		 148 aa  62.4  0.000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  54.24 
 
 		 101 aa  58.5  0.00000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2735  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 104 aa  56.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1148  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 99 aa  55.8  0.0000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.406355  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25230  Helix-turn-helix protein  45.12 
 
 		 142 aa  50.1  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.129627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 200 aa  49.7  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8637  putative transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 118 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1480  transcriptional regulator, XRE family  43.06 
 
 		 116 aa  48.1  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  32.39 
 
 		 181 aa  48.1  0.00004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 194 aa  47.8  0.00005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2578  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 182 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  30.99 
 
 		 181 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 198 aa  47.4  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 171 aa  47.4  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5613  transcriptional regulator, MerR family  41.07 
 
 		 283 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.395167  normal  0.0913658 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 181 aa  46.6  0.0001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2037  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 154 aa  46.6  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00457383  normal  0.0572202 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  37.88 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2571  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.00000000481124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0460  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 325 aa  45.4  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.321413 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1454  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 189 aa  45.4  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.513852  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0488  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.578439  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0025  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 183 aa  45.4  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.401315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 252 aa  44.7  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 255 aa  44.7  0.0004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 255 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0842  cupin 2 domain-containing protein  37.1 
 
 		 188 aa  44.3  0.0006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4439  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 190 aa  43.9  0.0007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.957299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 190 aa  43.9  0.0008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 105 aa  43.9  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1254  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 236 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6377  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 286 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.739753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2948  transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 225 aa  42.7  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0211039  hitchhiker  0.000112709 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2038  transcriptional regulator  36.92 
 
 		 230 aa  43.5  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.547476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2220  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 236 aa  43.1  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  35.94 
 
 		 232 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 234 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1647  helix-turn-helix domain protein  56.41 
 
 		 118 aa  42.7  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.230686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0949  putative transcriptional regulator, XRE family  38.89 
 
 		 175 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.596696  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0350  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0230  transcriptional regulator  36.67 
 
 		 197 aa  42.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0437  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 212 aa  42.7  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0772  transcriptional regulator  30 
 
 		 204 aa  42.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.855503 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3020  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2904  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.311354  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0384  DNA-binding protein  36.11 
 
 		 179 aa  42.7  0.002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0840  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 162 aa  42.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1702  transcriptional regulator, XRE family  31.76 
 
 		 218 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>