87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_28980 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_28980  predicted transcriptional regulator  100 
 
 		 382 aa  749    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.645932 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1756  XRE family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 409 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1521  XRE family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 401 aa  170  5e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.965018 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17420  predicted transcriptional regulator  36.57 
 
 		 414 aa  164  3e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.697974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 397 aa  124  3e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4570  transcriptional regulator, XRE family  31.2 
 
 		 414 aa  122  9e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8549  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 410 aa  111  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0123157  hitchhiker  0.000343252 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2462  XRE family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 524 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  29.85 
 
 		 411 aa  109  8.000000000000001e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0783  XRE family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.500633  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1646  transcriptional regulator, XRE family  28.43 
 
 		 403 aa  94.7  2e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.24387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3599  XRE family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 407 aa  94.4  3e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.34153  hitchhiker  0.000152397 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3359  helix-turn-helix domain-containing protein  30.12 
 
 		 407 aa  92.8  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6329  putative transcriptional regulator, XRE family  27.9 
 
 		 407 aa  84.3  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.523133 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03080  hypothetical protein  32.52 
 
 		 320 aa  84.3  0.000000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0010  XRE family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 401 aa  83.6  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.141867  hitchhiker  0.00323142 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8757  putative transcriptional regulator, XRE family  28.22 
 
 		 414 aa  83.2  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4820  hypothetical protein  28.57 
 
 		 399 aa  81.6  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.906768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1330  XRE family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 404 aa  75.9  0.000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0669  transcriptional regulator, XRE family  27.65 
 
 		 383 aa  75.5  0.000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1528  XRE family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 411 aa  75.5  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1631  transcriptional regulator, XRE family  26.61 
 
 		 401 aa  74.7  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.182309 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2778  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.38 
 
 		 401 aa  72.4  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0337  transcriptional regulator, XRE family  28.57 
 
 		 399 aa  70.9  0.00000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2078  hypothetical protein  29.13 
 
 		 350 aa  69.7  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0683232  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3690  XRE family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 402 aa  65.1  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.456142 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4132  XRE family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4372  transcriptional regulator, XRE family  28.76 
 
 		 400 aa  61.6  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2850  hypothetical protein  29.49 
 
 		 445 aa  61.2  0.00000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.431926  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1360  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.51 
 
 		 406 aa  60.5  0.00000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0338  helix-turn-helix domain protein  28.54 
 
 		 397 aa  60.1  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1046  putative DNA-binding protein  41.1 
 
 		 87 aa  59.3  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.32421  normal  0.822007 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4908  XRE family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 402 aa  57.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382252 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0194  transcriptional regulator, XRE family  27.73 
 
 		 401 aa  57.8  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  28.33 
 
 		 470 aa  55.8  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03070  predicted transcriptional regulator  48.28 
 
 		 95 aa  54.3  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 223 aa  50.1  0.00007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0840  helix-turn-helix domain-containing protein  27.34 
 
 		 402 aa  49.7  0.00009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.557676  normal  0.0541802 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  42.25 
 
 		 225 aa  48.9  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  41.1 
 
 		 143 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 191 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 191 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 191 aa  47.4  0.0004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 		 208 aa  47.4  0.0005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0316  XRE family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 191 aa  47.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4229  hypothetical protein  27.65 
 
 		 652 aa  47.4  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.60873 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 194 aa  46.6  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 101 aa  46.6  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8589  transcriptional regulator, XRE family  25.37 
 
 		 402 aa  47  0.0006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00719609  normal  0.402307 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0379  XRE family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 191 aa  46.6  0.0007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0164716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0133  helix-turn-helix domain protein  24.62 
 
 		 405 aa  46.6  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 181 aa  46.6  0.0008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0165  XRE family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 200 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4719  transcriptional regulator, XRE family  37.63 
 
 		 156 aa  46.2  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 129 aa  45.4  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 490 aa  45.4  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 181 aa  46.2  0.001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  43.86 
 
 		 232 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 203 aa  45.4  0.002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2579  hypothetical protein  30.73 
 
 		 562 aa  45.4  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 224 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  27.86 
 
 		 505 aa  44.3  0.003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  32.38 
 
 		 472 aa  43.9  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 245 aa  43.9  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3877  helix-turn-helix domain protein  46.67 
 
 		 383 aa  43.9  0.005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.862285 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2314  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 208 aa  43.9  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.059917  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0079  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 191 aa  43.9  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 208 aa  43.9  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1871  putative HTH-type transcriptional regulator  41.38 
 
 		 215 aa  43.5  0.006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0589891  normal  0.573197 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0556  transcriptional regulator, XRE family  24.56 
 
 		 409 aa  43.5  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0079  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 196 aa  43.1  0.007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 191 aa  43.1  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 204 aa  43.1  0.007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2373  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 107 aa  43.5  0.007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.859226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 72 aa  43.5  0.007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 256 aa  43.1  0.008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4811  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 201 aa  43.1  0.009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00213383 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2204  XRE family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 107 aa  42.7  0.01  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  hitchhiker  0.000000112019  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>