172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4742 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 124 aa  242  9.999999999999999e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  72.58 
 
 		 124 aa  186  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  49.09 
 
 		 110 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  45.53 
 
 		 119 aa  114  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  45.83 
 
 		 124 aa  107  4.0000000000000004e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  45.87 
 
 		 201 aa  95.5  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 263 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  46.73 
 
 		 165 aa  87.4  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 115 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  39.17 
 
 		 130 aa  84  6e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  41.53 
 
 		 129 aa  80.9  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  42.4 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 123 aa  74.3  0.0000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  50 
 
 		 155 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  37.93 
 
 		 129 aa  69.3  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  34.35 
 
 		 138 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  41.53 
 
 		 137 aa  68.6  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  37.07 
 
 		 129 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  36.44 
 
 		 143 aa  66.6  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 62 aa  62  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 123 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 245 aa  52.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 371 aa  52.4  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  42.03 
 
 		 110 aa  51.6  0.000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  39.08 
 
 		 112 aa  52  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2666  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 86 aa  51.6  0.000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.355164  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  44.83 
 
 		 201 aa  50.8  0.000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 197 aa  50.4  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  44.83 
 
 		 195 aa  49.7  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 101 aa  48.9  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 200 aa  49.3  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 60 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  43.55 
 
 		 255 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  45.61 
 
 		 255 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 203 aa  47.8  0.00004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 219 aa  48.1  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4440  transcriptional regulator, XRE family  43.4 
 
 		 77 aa  47.4  0.00006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3829  transcriptional regulator, XRE family  47.69 
 
 		 201 aa  47.8  0.00006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.440396  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 106 aa  47  0.00008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 256 aa  47  0.00009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0678  transcriptional regulator, XRE family  47.27 
 
 		 188 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 105 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 171 aa  46.6  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 82 aa  47  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 359 aa  45.4  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 218 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 218 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 200 aa  46.2  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  45.28 
 
 		 474 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  32.88 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 252 aa  45.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3680  helix-turn-helix domain protein  38.6 
 
 		 66 aa  45.4  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3529  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 200 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.295271 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  39.39 
 
 		 483 aa  45.4  0.0003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0410  putative transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 189 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 194 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 212 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 197 aa  44.7  0.0004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 79 aa  44.7  0.0004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 470 aa  44.3  0.0005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 83 aa  44.7  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3404  cupin 2 domain-containing protein  41.38 
 
 		 215 aa  44.3  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 470 aa  44.3  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1574  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 57 aa  44.7  0.0005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_15000  predicted transcriptional regulator  49.06 
 
 		 184 aa  44.3  0.0006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.904149  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 187 aa  44.3  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3313  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 201 aa  43.9  0.0007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  47.27 
 
 		 72 aa  43.9  0.0007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 490 aa  43.9  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0379  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 184 aa  43.9  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.808324 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 77 aa  43.5  0.0008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 490 aa  43.9  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  45.1 
 
 		 196 aa  43.9  0.0008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1892  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 390 aa  43.5  0.0009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0261519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  40.35 
 
 		 68 aa  43.5  0.0009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 199 aa  43.1  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3132  putative transcription regulator protein  48.28 
 
 		 209 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.25062  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4106  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 207 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0938506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0677  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00589237 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  45.65 
 
 		 74 aa  43.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 504 aa  43.1  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 503 aa  43.5  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 95 aa  43.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0190  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000995138  normal  0.937814 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  43.75 
 
 		 517 aa  42.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 300 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  40.35 
 
 		 69 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3914  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 84 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1083  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 199 aa  42.4  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0846857  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0889  XRE family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 210 aa  42.7  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3484  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5086  putative transcriptional regulator, XRE family  46.43 
 
 		 192 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5912  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 213 aa  42.7  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>