28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6164 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6164  hypothetical protein  100 
 
 		 132 aa  273  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456474  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  44.44 
 
 		 143 aa  50.4  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0422  transcriptional regulator  40 
 
 		 146 aa  50.1  0.00001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  30.43 
 
 		 303 aa  48.5  0.00003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  38.46 
 
 		 119 aa  46.6  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  49.06 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5143  putative transcriptional regulator, XRE family  42.11 
 
 		 192 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0117731  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 285 aa  43.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  45.45 
 
 		 196 aa  43.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  46 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 261 aa  42.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 68 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0626  transcriptional regulator, putative  27.69 
 
 		 303 aa  41.6  0.003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0882771  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 130 aa  42  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 68 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2792  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 72 aa  41.6  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 110 aa  41.2  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0623  transcriptional regulator, putative  28.69 
 
 		 302 aa  41.2  0.005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0864444  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 274 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  43.64 
 
 		 273 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 263 aa  40.8  0.006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  36.84 
 
 		 155 aa  40.8  0.006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  42.55 
 
 		 124 aa  40.8  0.007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 62 aa  40.4  0.008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 273 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6209  hypothetical protein  29.55 
 
 		 120 aa  40.4  0.008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.280043  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>