117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3497 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 263 aa  529  1e-149  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 254 aa  149  5e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 282 aa  145  9e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 285 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  36.86 
 
 		 283 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  33.83 
 
 		 276 aa  142  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 274 aa  141  9e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 288 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 282 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 282 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 282 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 282 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  37.85 
 
 		 264 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 267 aa  133  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 272 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 272 aa  132  3.9999999999999996e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 270 aa  132  6.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 268 aa  132  6.999999999999999e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  34.93 
 
 		 296 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  36.13 
 
 		 318 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 315 aa  128  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 275 aa  128  8.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  35.77 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  36.9 
 
 		 284 aa  128  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  36.26 
 
 		 270 aa  127  1.0000000000000001e-28  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  32.7 
 
 		 269 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  36.02 
 
 		 288 aa  127  3e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 271 aa  125  5e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 277 aa  125  6e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  37.24 
 
 		 273 aa  125  6e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 273 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 273 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 271 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 267 aa  124  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 244 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 264 aa  120  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  34.1 
 
 		 284 aa  118  7e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 294 aa  118  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  32.13 
 
 		 262 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 264 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 287 aa  116  3.9999999999999997e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 		 278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  35.37 
 
 		 273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 272 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 272 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  33.73 
 
 		 281 aa  112  7.000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  34.27 
 
 		 288 aa  110  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 267 aa  109  6e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 265 aa  105  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 273 aa  105  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 271 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  33.76 
 
 		 265 aa  101  1e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 271 aa  100  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 313 aa  94  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  31.98 
 
 		 241 aa  89.7  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 280 aa  85.9  6e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  32.37 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 241 aa  62.8  0.000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 345 aa  54.7  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1361  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 282 aa  51.2  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.108942  hitchhiker  0.000206797 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7525  helix-turn-helix domain protein  28.39 
 
 		 294 aa  49.7  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.507002  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 106 aa  48.9  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 101 aa  48.1  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2417  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 278 aa  48.5  0.0001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.067854 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4130  transcriptional regulator, XRE family  28.98 
 
 		 292 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.32419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1403  helix-turn-helix domain-containing protein  29.89 
 
 		 282 aa  48.1  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.425851 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0885  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  47.4  0.0003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3153  transcriptional regulator, XRE family  30.67 
 
 		 290 aa  47  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1824  transcriptional regulator, XRE family  28.48 
 
 		 259 aa  47  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375176 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 211 aa  46.2  0.0005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  40.35 
 
 		 124 aa  45.8  0.0007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 96 aa  45.4  0.0008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 490 aa  45.1  0.001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4361  transcriptional regulator, XRE family  26.47 
 
 		 265 aa  45.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2562  XRE family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 342 aa  44.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2265  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 433 aa  44.3  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.796244  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  31.67 
 
 		 199 aa  44.7  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  38.33 
 
 		 149 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 131 aa  44.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  45.1 
 
 		 155 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  29.91 
 
 		 191 aa  43.5  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2429  XRE family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 191 aa  43.9  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0848952 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  39.29 
 
 		 309 aa  43.1  0.004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 252 aa  43.5  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40 
 
 		 316 aa  43.1  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 107 aa  43.1  0.005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3750  helix-turn-helix domain-containing protein  29.63 
 
 		 298 aa  43.1  0.005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.169217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7511  transcriptional regulator, XRE family  39.13 
 
 		 283 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0427  transcriptional regulator  36.84 
 
 		 66 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.423701  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 131 aa  42.7  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>