88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_1232 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_1232  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
261 aa  525  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.124507  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  59.85 
 
 
310 aa  303  1.0000000000000001e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4547  transcriptional regulator, XRE family  58.98 
 
 
288 aa  298  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.732367  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4643  XRE family transcriptional regulator  58.53 
 
 
315 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.979192  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1438  transcriptional regulator, XRE family  57.96 
 
 
284 aa  286  2e-76  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.161381  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4683  XRE family transcriptional regulator  56.81 
 
 
282 aa  285  4e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.208323  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  56.81 
 
 
282 aa  285  5e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2438  XRE family transcriptional regulator  56.42 
 
 
306 aa  283  1.0000000000000001e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161645  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  56.03 
 
 
282 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5211  XRE family transcriptional regulator  56.81 
 
 
282 aa  284  1.0000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0654852 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4943  XRE family transcriptional regulator  56.03 
 
 
282 aa  282  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.319472  normal  0.149365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  55.51 
 
 
285 aa  281  6.000000000000001e-75  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  55.64 
 
 
282 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  55.64 
 
 
282 aa  280  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0588  XRE family transcriptional regulator  55.73 
 
 
264 aa  279  3e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.377951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  54.79 
 
 
264 aa  278  6e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  54.94 
 
 
271 aa  273  2.0000000000000002e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0229  transcriptional regulator, XRE family  55.17 
 
 
274 aa  271  8.000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.565553 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  56 
 
 
271 aa  266  2.9999999999999995e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  51.97 
 
 
262 aa  264  1e-69  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  55.2 
 
 
271 aa  262  3e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  52.92 
 
 
273 aa  262  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  50.57 
 
 
268 aa  260  2e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4901  XRE family transcriptional regulator  52.59 
 
 
267 aa  259  3e-68  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000244181 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  53.33 
 
 
271 aa  257  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  54.92 
 
 
275 aa  254  9e-67  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3594  XRE family transcriptional regulator  54.05 
 
 
267 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.328553 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4426  helix-turn-helix domain-containing protein  52.54 
 
 
273 aa  250  2e-65  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 
267 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  51.94 
 
 
273 aa  247  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6073  XRE family transcriptional regulator  48.33 
 
 
313 aa  246  3e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.62035 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  51.97 
 
 
272 aa  244  9e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  51.97 
 
 
272 aa  244  9e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4390  transcriptional regulator, XRE family  52.53 
 
 
273 aa  242  5e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.244143  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2755  XRE family transcriptional regulator  52.76 
 
 
273 aa  241  7.999999999999999e-63  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.111359  normal  0.347347 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4350  XRE family transcriptional regulator  50.84 
 
 
264 aa  233  3e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  47.88 
 
 
269 aa  231  7.000000000000001e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3014  XRE family transcriptional regulator  49.21 
 
 
270 aa  219  3.9999999999999997e-56  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.436062  normal  0.451981 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  45.14 
 
 
288 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3292  XRE family transcriptional regulator  48.58 
 
 
244 aa  211  1e-53  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028295  normal  0.202309 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5749  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 
287 aa  210  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.862833  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2234  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 
281 aa  209  4e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  43.68 
 
 
270 aa  204  2e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5585  transcriptional regulator, XRE family  44.49 
 
 
284 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8678  transcriptional regulator, XRE family  42.29 
 
 
288 aa  202  6e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.947693  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3526  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 
265 aa  199  3.9999999999999996e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.565274  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1833  transcriptional regulator, XRE family  49.58 
 
 
265 aa  195  6e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.732439  normal  0.015982 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  43.62 
 
 
278 aa  194  2e-48  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2339  XRE family transcriptional regulator  47.3 
 
 
305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.486703 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  44.54 
 
 
241 aa  189  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4631  transcriptional regulator, XRE family  41.41 
 
 
271 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1100  XRE family transcriptional regulator  40.84 
 
 
254 aa  159  4e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2160  XRE family transcriptional regulator  37.21 
 
 
272 aa  150  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2653  Cro/CI family transcriptional regulator  36.88 
 
 
272 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  36.5 
 
 
271 aa  146  3e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6350  transcriptional regulator, XRE family  37.12 
 
 
283 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0349  XRE family transcriptional regulator  40.4 
 
 
277 aa  144  1e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4574  transcriptional regulator, XRE family  37.4 
 
 
276 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.106212  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
302 aa  143  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  36.94 
 
 
296 aa  139  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
294 aa  138  7.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4636  transcriptional regulator, XRE family  35.34 
 
 
285 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0104  XRE family transcriptional regulator  37.44 
 
 
241 aa  136  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.529345 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2562  XRE family transcriptional regulator  34.98 
 
 
281 aa  135  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.964133 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0311  XRE family transcriptional regulator  30.34 
 
 
280 aa  122  6e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.679895  normal  0.664954 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  34.44 
 
 
297 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  33.58 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  31.62 
 
 
263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0310  XRE family transcriptional regulator  57.33 
 
 
345 aa  76.3  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.442864 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1507  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 
211 aa  51.6  0.00001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2269  helix-turn-helix domain-containing protein  55.26 
 
 
48 aa  50.4  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.193733  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  43.86 
 
 
75 aa  49.3  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 
316 aa  48.5  0.0001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4934  transcriptional regulator, XRE family  32.33 
 
 
487 aa  47  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1326  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 
309 aa  47  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.783299  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  27.52 
 
 
132 aa  46.2  0.0005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0893  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 
315 aa  44.7  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.187565  normal  0.182245 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2954  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 
915 aa  44.7  0.002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00111801 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
96 aa  43.9  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04285  DNA-binding protein, putative  40.74 
 
 
75 aa  43.9  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7511  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 
283 aa  43.1  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1541  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  41.82 
 
 
317 aa  43.1  0.005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 
145 aa  42.7  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6164  hypothetical protein  40.38 
 
 
132 aa  42.7  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.456474  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3860  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 
151 aa  42.4  0.007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  44.44 
 
 
128 aa  42.4  0.007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0552  XRE family transcriptional regulator  36.54 
 
 
246 aa  42.4  0.008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0662  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
259 aa  42  0.01  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>