82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_1040 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 137 aa  269  9e-72  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  64.06 
 
 		 129 aa  161  2.0000000000000002e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  45.04 
 
 		 138 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  44.8 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  42.86 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 135 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  40.68 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 		 130 aa  69.3  0.00000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 201 aa  67.8  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  38.28 
 
 		 143 aa  65.9  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 165 aa  62  0.000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 110 aa  59.7  0.00000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 123 aa  52  0.000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 123 aa  51.6  0.000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 115 aa  51.2  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 263 aa  48.5  0.00003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  33.61 
 
 		 155 aa  46.2  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  46 
 
 		 264 aa  45.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 91 aa  46.2  0.0002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  34.26 
 
 		 120 aa  45.4  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3152  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 271 aa  45.1  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3325  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.951431  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 230 aa  45.1  0.0004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1861  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 403 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1807  DNA-binding protein  44.64 
 
 		 403 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 255 aa  44.3  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 271 aa  43.9  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3344  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 297 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  41.27 
 
 		 255 aa  43.9  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2997  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 318 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 79 aa  43.9  0.0008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  34.26 
 
 		 120 aa  43.9  0.0008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  34.26 
 
 		 120 aa  43.5  0.0009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  45.31 
 
 		 69 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 392 aa  42.7  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 282 aa  42.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  28.46 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0860  XRE family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 310 aa  42  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0471482 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1184  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 73 aa  42  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.410956  normal  0.167059 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1606  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1567  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1558  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  40.35 
 
 		 67 aa  42  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1730  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1781  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 403 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3595  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 404 aa  42  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1141  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 74 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.519816  normal  0.304239 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 74 aa  41.6  0.003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7699  putative transcriptional regulator  38.6 
 
 		 112 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.829097  normal  0.153836 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0936  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 84 aa  42  0.003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.0000000000155637  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 272 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 272 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  38.46 
 
 		 220 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  37.7 
 
 		 196 aa  41.2  0.005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  32.43 
 
 		 288 aa  41.2  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3397  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 282 aa  41.2  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.150854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3356  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 267 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4760  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 296 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.194749 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5660  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 490 aa  40.8  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.176576  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4027  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 294 aa  40.8  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1287  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 268 aa  40.8  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71836  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5325  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 282 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3041  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 282 aa  40.8  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.620788  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  38 
 
 		 273 aa  40.4  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0324  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 282 aa  40.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0919  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 302 aa  40.4  0.008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.601678 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0571  transcriptional regulator, XRE family  37.89 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.263203 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 		 206 aa  40.4  0.009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  38.37 
 
 		 129 aa  40  0.009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 75 aa  40.4  0.009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5241  putative transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 269 aa  40  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.256202 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5469  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  40  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1453  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 171 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 252 aa  40  0.01  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  36 
 
 		 77 aa  40  0.01  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5020  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 275 aa  40  0.01  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0224601  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  38 
 
 		 273 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>