64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3072 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3072  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 135 aa  268  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.185071  normal  0.0716873 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  40.83 
 
 		 129 aa  89  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  42.28 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  39.66 
 
 		 124 aa  80.5  0.000000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  40.48 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  40.94 
 
 		 137 aa  75.5  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  37.98 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 110 aa  67.4  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  37.5 
 
 		 155 aa  67  0.00000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  34.07 
 
 		 138 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  38.46 
 
 		 143 aa  62.8  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 165 aa  63.2  0.000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 263 aa  61.2  0.000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  36 
 
 		 119 aa  60.8  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 201 aa  59.7  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  33.61 
 
 		 115 aa  57  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3680  helix-turn-helix domain protein  47.46 
 
 		 66 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4177  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35190  DNA-binding protein  50 
 
 		 65 aa  47.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 201 aa  46.2  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 115 aa  46.2  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 69 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1021  transcriptional regulator, XRE family  40.62 
 
 		 191 aa  45.4  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.438557  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 69 aa  45.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4832  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 107 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 60 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 474 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  36.36 
 
 		 73 aa  45.1  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  51.06 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 		 195 aa  44.3  0.0006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 68 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1409  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 75 aa  43.9  0.0008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.503834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  38.81 
 
 		 199 aa  42.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4907  helix-turn-helix domain protein  44.64 
 
 		 85 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0998227 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0894  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 278 aa  43.5  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0428  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 197 aa  43.1  0.001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1039  XRE family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 264 aa  42.7  0.002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000101655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5358  putative transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 201 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.406538  normal  0.655587 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 197 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1566  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 202 aa  41.6  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0862847 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 194 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 392 aa  41.6  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0556  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 62 aa  42  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.4035 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 142 aa  41.6  0.003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 145 aa  42  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0581  hypothetical protein  38.46 
 
 		 484 aa  41.6  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0222358  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0770  transcriptional regulator, XRE family  35.85 
 
 		 262 aa  41.2  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.528769  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 80 aa  41.2  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3036  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 198 aa  40.8  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 61 aa  40.8  0.007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2386  transcriptional regulator, XRE family  42.22 
 
 		 159 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256982  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 477 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 477 aa  40.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3387  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 93 aa  40.8  0.007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2129  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 264 aa  40.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.862241  normal  0.041856 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3652  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 196 aa  40.4  0.008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00533728 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 78 aa  40.4  0.009  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5460  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 79 aa  40.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0289484  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 200 aa  40.4  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1410  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>