94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_1681 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010581  Bind_1681  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  238  2e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.527285 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  45.97 
 
 		 124 aa  87  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1998  hypothetical protein  40.34 
 
 		 119 aa  83.2  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.503515  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4742  transcriptional regulator, XRE family  42.28 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0122495 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3170  putative phage-related transcriptional regulator  43.48 
 
 		 129 aa  81.3  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0151351  normal  0.529674 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2943  putative phage-related transcriptional regulator  42.61 
 
 		 129 aa  80.9  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.118261 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  37.19 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1786  helix-turn-helix transcriptional regulator  40.8 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  36.67 
 
 		 143 aa  73.9  0.0000000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2542  XRE family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 165 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2268  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 201 aa  62.8  0.000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  0.398688 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1040  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.119087 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0868  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 263 aa  56.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.471001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2413  helix-turn-helix domain-containing protein  39.34 
 
 		 129 aa  56.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.383209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  33.63 
 
 		 115 aa  56.6  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1676  gp68  31.62 
 
 		 155 aa  51.6  0.000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610076  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6981  transcriptional regulator, XRE family  41.67 
 
 		 245 aa  50.8  0.000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2384  transcriptional regulator, XRE family  46.77 
 
 		 82 aa  50.8  0.000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0495747  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0604  transcriptional regulator, XRE family  33.59 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  39.71 
 
 		 94 aa  49.7  0.00001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 110 aa  50.1  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  46.43 
 
 		 377 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4071  XRE family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 123 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 128 aa  47.4  0.00006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1816  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00473491  hitchhiker  0.000617218 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1133  XRE family plasmid maintenance system antidote protein  40 
 
 		 114 aa  46.2  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.96581  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0554  prophage LambdaSa1, Cro/CI family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 63 aa  46.6  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 60 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 143 aa  45.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1647  DNA-binding protein  28.3 
 
 		 115 aa  45.1  0.0004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.68181  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3278  hypothetical protein  35.14 
 
 		 110 aa  44.7  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.397996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  38.46 
 
 		 194 aa  44.3  0.0006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 119 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 181 aa  44.3  0.0006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3124  XRE family transcriptional regulator  46.3 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3707  molybdate metabolism transcriptional regulator  39.29 
 
 		 374 aa  43.9  0.0008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.487138  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0405  transcriptional regulator, XRE family  25.41 
 
 		 123 aa  43.5  0.0009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 132 aa  43.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3103  transcriptional regulator, XRE family  54.55 
 
 		 503 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.597911  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1184  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 115 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4055  molybdate metabolism transcriptional regulator  37.5 
 
 		 377 aa  43.5  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00182658  normal  0.26319 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  40.35 
 
 		 224 aa  42.7  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 210 aa  43.5  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  28.74 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  42.86 
 
 		 480 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 513 aa  42.4  0.002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 480 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  41.07 
 
 		 189 aa  42.4  0.002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 481 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  28.74 
 
 		 120 aa  42.7  0.002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 175 aa  42.4  0.002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  37.33 
 
 		 516 aa  42.7  0.002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 483 aa  42.4  0.002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 124 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 490 aa  41.6  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30330  predicted transcriptional regulator  37.68 
 
 		 411 aa  42  0.003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.502087 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 480 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8701  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 200 aa  41.6  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.257362 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1423  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 195 aa  42  0.003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3469  DNA-binding protein  42.37 
 
 		 189 aa  41.6  0.003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.162788  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 483 aa  42  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 83 aa  41.6  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  28.74 
 
 		 120 aa  42  0.003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 181 aa  41.6  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1064  transciptional regulator  40.91 
 
 		 195 aa  42  0.003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 482 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1317  XRE family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 106 aa  42  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000865545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  42  0.003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  35.71 
 
 		 376 aa  41.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 187 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 187 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  38.6 
 
 		 187 aa  41.6  0.004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 180 aa  41.6  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0887  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 218 aa  41.2  0.005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 72 aa  40.8  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1635  transcriptional regulator, XRE family  31.03 
 
 		 112 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0783  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 394 aa  40.8  0.006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.500633  hitchhiker  0.00490863 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0777  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 83 aa  40.8  0.006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000109093  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 129 aa  40.8  0.007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0098  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  42.86 
 
 		 305 aa  40.8  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  48.84 
 
 		 169 aa  40.8  0.007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 464 aa  40.8  0.007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1266  XRE family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 112 aa  40.8  0.007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000461097  normal  0.0226828 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2999  transcriptional regulator, XRE family  40.38 
 
 		 200 aa  40.4  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.290253  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 475 aa  40.4  0.008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4666  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 197 aa  40.4  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.223091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  34.29 
 
 		 323 aa  40  0.01  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5273  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1091  hypothetical protein  29.82 
 
 		 105 aa  40  0.01  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>