82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4070 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4070  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 109 aa  218  1.9999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00101139  hitchhiker  0.00129674 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 474 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3598  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 477 aa  48.5  0.00003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.149473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2254  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 482 aa  48.1  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1378  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 480 aa  47.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.151662  normal  0.880216 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4054  hypothetical protein  43.64 
 
 		 480 aa  47.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.568607  normal  0.0971132 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4200  XRE family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 481 aa  47.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.306631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4879  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 480 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.80038  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  38.71 
 
 		 475 aa  46.6  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5864  XRE family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 470 aa  46.6  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  40 
 
 		 483 aa  46.2  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2986  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 483 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.199434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 470 aa  46.2  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  40 
 
 		 470 aa  46.2  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1096  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 483 aa  47  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 91 aa  46.2  0.0001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  40.98 
 
 		 476 aa  46.2  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 477 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 281 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2316  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 474 aa  45.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  38.18 
 
 		 469 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1813  hypothetical protein  35.19 
 
 		 474 aa  43.9  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1028  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 464 aa  43.9  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1471  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 428 aa  43.9  0.0008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.772154 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  35.71 
 
 		 472 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0172  transcriptional regulator  38.33 
 
 		 428 aa  43.5  0.001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  41.82 
 
 		 474 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1405  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 431 aa  43.1  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.157932  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 504 aa  42.4  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 469 aa  42.4  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0374  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 469 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.152873  decreased coverage  0.00046899 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  31.67 
 
 		 517 aa  42.4  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  30.14 
 
 		 91 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11152  transcriptional regulator  33.9 
 
 		 486 aa  42.7  0.002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3376  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 469 aa  42.4  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.307758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 471 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 91 aa  42.4  0.002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1806  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 428 aa  42.4  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.496023 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 477 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 152 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1170  helix-turn-helix domain-containing protein  38.33 
 
 		 196 aa  42.7  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 75 aa  42.4  0.002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4552  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 76 aa  42.4  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 88 aa  42  0.003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  30.16 
 
 		 70 aa  41.6  0.003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 		 95 aa  41.6  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 466 aa  42  0.003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 230 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0309  hypothetical protein  36.36 
 
 		 470 aa  41.6  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1879  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 491 aa  41.6  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.639599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  35.71 
 
 		 469 aa  41.6  0.004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 179 aa  41.6  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1991  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 69 aa  41.6  0.004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2145  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 161 aa  40.8  0.005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2004  hypothetical protein  32.76 
 
 		 470 aa  41.2  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.860284  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 105 aa  41.2  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  29.82 
 
 		 109 aa  40.8  0.006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  34.55 
 
 		 101 aa  40.8  0.006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 		 125 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  32.91 
 
 		 114 aa  40.8  0.006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  29.23 
 
 		 199 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5183  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 804 aa  40.8  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.621684  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1357  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.222468  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  32.2 
 
 		 516 aa  40.8  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  29.07 
 
 		 489 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28370  predicted transcriptional regulator  37.04 
 
 		 475 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1187  Cro/CI family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 470 aa  40.8  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0308  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 144 aa  40.4  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 130 aa  40.8  0.007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 148 aa  40.8  0.007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4792  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 490 aa  40.8  0.007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.118224  normal  0.264382 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1147  hypothetical protein  32.76 
 
 		 472 aa  40.8  0.007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0999  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.47 
 
 		 129 aa  40.4  0.007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1998  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 131 aa  40.4  0.008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 67 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1350  hypothetical protein  43.48 
 
 		 461 aa  40.4  0.008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248791  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  27.84 
 
 		 490 aa  40.4  0.008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 114 aa  40  0.009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06790  hypothetical protein  38.98 
 
 		 187 aa  40  0.009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.171424  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 117 aa  40  0.01  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5326  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 68 aa  40  0.01  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.134062 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>