51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1608 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4705  transcriptional regulator, putative  83.93 
 
 		 503 aa  895    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000799  predicted transcriptional regulator  74.22 
 
 		 467 aa  714    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4239  transcriptional regulator, XRE family  85.49 
 
 		 510 aa  923    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  74.7 
 
 		 504 aa  806    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3044  XRE family transcriptional regulator  88.82 
 
 		 513 aa  945    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.439446  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  85.1 
 
 		 509 aa  918    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2004  XRE family transcriptional regulator  83.27 
 
 		 511 aa  909    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.447226  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1608  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 510 aa  1064    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.118934 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06696  hypothetical protein  73.14 
 
 		 467 aa  715    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  85.1 
 
 		 510 aa  920    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  74.36 
 
 		 508 aa  816    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  76.05 
 
 		 505 aa  804    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  84.25 
 
 		 509 aa  902    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  77.8 
 
 		 510 aa  831    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0106  XRE family transcriptional regulator  85.29 
 
 		 509 aa  920    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  69.64 
 
 		 518 aa  744    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  83.76 
 
 		 510 aa  901    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  77.43 
 
 		 504 aa  822    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  81.6 
 
 		 511 aa  882    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  84.15 
 
 		 510 aa  907    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  83.95 
 
 		 510 aa  905    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  84.68 
 
 		 508 aa  907    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1175  hypothetical protein  82.98 
 
 		 62 aa  87.4  5e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  23.85 
 
 		 495 aa  71.2  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  24.94 
 
 		 504 aa  61.2  0.00000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  26.63 
 
 		 488 aa  58.9  0.0000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  24.15 
 
 		 505 aa  59.3  0.0000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  23.47 
 
 		 488 aa  58.2  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  27.92 
 
 		 505 aa  58.5  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  22.75 
 
 		 490 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  22.98 
 
 		 491 aa  52.8  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  22.47 
 
 		 503 aa  48.9  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  21.21 
 
 		 500 aa  49.3  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  36.62 
 
 		 200 aa  48.5  0.0003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.5 
 
 		 481 aa  48.5  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  23.62 
 
 		 490 aa  47.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 199 aa  47  0.0008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1154  XRE family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 204 aa  47  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0376883  normal  0.48606 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 188 aa  46.6  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 199 aa  47  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  21.63 
 
 		 489 aa  46.6  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  22.2 
 
 		 476 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  36.62 
 
 		 199 aa  47  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 199 aa  46.6  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 205 aa  45.8  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0685  TPR repeat-containing protein  35.63 
 
 		 436 aa  44.7  0.004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105073  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  21.35 
 
 		 471 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 204 aa  44.7  0.005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 201 aa  43.9  0.008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 105 aa  43.5  0.01  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>