61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4705 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4705  transcriptional regulator, putative  100 
 
 		 503 aa  1047    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  94.42 
 
 		 510 aa  996    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  75.6 
 
 		 508 aa  809    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06696  hypothetical protein  73.75 
 
 		 467 aa  716    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1608  XRE family transcriptional regulator  83.93 
 
 		 510 aa  895    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.118934 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  76.47 
 
 		 505 aa  786    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2004  XRE family transcriptional regulator  81.84 
 
 		 511 aa  870    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.447226  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  94.59 
 
 		 509 aa  988    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  75.3 
 
 		 510 aa  802    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0106  XRE family transcriptional regulator  95.01 
 
 		 509 aa  998    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  69.76 
 
 		 518 aa  745    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  77.82 
 
 		 504 aa  806    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  97.81 
 
 		 510 aa  1027    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  94.81 
 
 		 509 aa  999    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3044  XRE family transcriptional regulator  82.11 
 
 		 513 aa  866    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.439446  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  85.88 
 
 		 511 aa  925    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  98.61 
 
 		 510 aa  1035    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  98.61 
 
 		 510 aa  1035    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  87.6 
 
 		 508 aa  924    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  74.19 
 
 		 504 aa  791    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4239  transcriptional regulator, XRE family  94.81 
 
 		 510 aa  998    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000799  predicted transcriptional regulator  73.81 
 
 		 467 aa  711    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1175  hypothetical protein  81.63 
 
 		 62 aa  90.5  6e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  23.7 
 
 		 505 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 491 aa  55.5  0.000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  27.18 
 
 		 505 aa  54.3  0.000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  22.22 
 
 		 495 aa  53.9  0.000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  38.37 
 
 		 200 aa  53.9  0.000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  21.95 
 
 		 476 aa  53.5  0.000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 		 504 aa  52.8  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 490 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  21.09 
 
 		 500 aa  52.4  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.06 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 		 199 aa  50.8  0.00005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 188 aa  51.2  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 		 199 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  25.89 
 
 		 488 aa  48.9  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 105 aa  47.8  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1737  helix-turn-helix domain-containing protein  22.11 
 
 		 493 aa  47.4  0.0006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.754923  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  22.78 
 
 		 496 aa  46.6  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  21.26 
 
 		 490 aa  45.4  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  20.79 
 
 		 488 aa  45.4  0.002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  21.53 
 
 		 477 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 199 aa  45.4  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4240  hypothetical protein  22.76 
 
 		 472 aa  45.4  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.726169  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 199 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 199 aa  45.8  0.002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3514  XRE family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 471 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.15562 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 101 aa  44.7  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0450  XRE family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 180 aa  44.7  0.004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0685  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 436 aa  44.3  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.105073  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  21.53 
 
 		 477 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 191 aa  44.3  0.006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  22.81 
 
 		 489 aa  43.9  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  21.34 
 
 		 477 aa  43.9  0.006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  24.78 
 
 		 503 aa  43.9  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_007616  NmulC_2782  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.8 
 
 		 106 aa  43.5  0.009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.821719  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 192 aa  43.5  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2810  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 135 aa  43.5  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143995  hitchhiker  0.0000258946 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 192 aa  43.5  0.009  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 192 aa  43.5  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>