46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0405 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  65.21 
 
 		 518 aa  694    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2004  XRE family transcriptional regulator  72.35 
 
 		 511 aa  782    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.447226  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1608  XRE family transcriptional regulator  74.7 
 
 		 510 aa  806    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.118934 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06696  hypothetical protein  72.91 
 
 		 467 aa  714    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  74.16 
 
 		 510 aa  802    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  74.16 
 
 		 509 aa  798    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  67.98 
 
 		 508 aa  751    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  75.25 
 
 		 505 aa  804    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  73.23 
 
 		 509 aa  791    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  69.38 
 
 		 510 aa  744    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0106  XRE family transcriptional regulator  73.96 
 
 		 509 aa  799    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  71.37 
 
 		 504 aa  756    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  74.55 
 
 		 510 aa  802    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3044  XRE family transcriptional regulator  72.71 
 
 		 513 aa  776    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.439446  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  100 
 
 		 504 aa  1054    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  73.2 
 
 		 511 aa  779    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  74.55 
 
 		 510 aa  803    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  74.16 
 
 		 510 aa  798    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4239  transcriptional regulator, XRE family  74.16 
 
 		 510 aa  801    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  72.8 
 
 		 508 aa  775    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000799  predicted transcriptional regulator  73.13 
 
 		 467 aa  711    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4705  transcriptional regulator, putative  74.19 
 
 		 503 aa  791    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1175  hypothetical protein  73.47 
 
 		 62 aa  86.3  0.000000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  22.5 
 
 		 481 aa  57.4  0.0000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 490 aa  55.8  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 		 490 aa  55.1  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  37.21 
 
 		 200 aa  53.1  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 505 aa  52.8  0.00001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  25.13 
 
 		 488 aa  52  0.00003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  26.07 
 
 		 503 aa  50.4  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  27.64 
 
 		 495 aa  50.4  0.00007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06770  transcriptional regulator  22.44 
 
 		 489 aa  50.1  0.0001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.949032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  22.61 
 
 		 478 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  27.64 
 
 		 504 aa  48.9  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  34.29 
 
 		 105 aa  47.8  0.0005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 199 aa  45.8  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  24.22 
 
 		 500 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  35.14 
 
 		 199 aa  45.1  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 191 aa  44.7  0.004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  26.13 
 
 		 489 aa  44.3  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  24.12 
 
 		 505 aa  43.9  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  24.12 
 
 		 488 aa  44.3  0.006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1480  XRE family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 198 aa  43.9  0.007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3867  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 201 aa  43.9  0.007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 491 aa  43.5  0.008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0165  transcriptional regulator, XRE family  32.05 
 
 		 201 aa  43.1  0.01  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>