58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2560 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06696  hypothetical protein  68.42 
 
 		 467 aa  660    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0680  XRE family transcriptional regulator  72.55 
 
 		 504 aa  759    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0302  DNA-binding transcriptional regulator  69.18 
 
 		 518 aa  746    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0106  XRE family transcriptional regulator  75.54 
 
 		 509 aa  816    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2560  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 510 aa  1061    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3866  XRE family transcriptional regulator  76.82 
 
 		 509 aa  818    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0281  hypothetical protein  70.81 
 
 		 505 aa  747    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.985205  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1178  XRE family transcriptional regulator  72.08 
 
 		 508 aa  783    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4294  XRE family transcriptional regulator  75.15 
 
 		 510 aa  814    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4705  transcriptional regulator, putative  75.3 
 
 		 503 aa  802    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1608  XRE family transcriptional regulator  77.8 
 
 		 510 aa  831    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.118934 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2004  XRE family transcriptional regulator  74.85 
 
 		 511 aa  812    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.447226  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4434  XRE family transcriptional regulator  75.64 
 
 		 509 aa  813    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3044  XRE family transcriptional regulator  76.09 
 
 		 513 aa  801    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.439446  normal  0.0575166 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0405  putative HTH-type transcriptional regulator  69.38 
 
 		 504 aa  744    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0652706  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4239  transcriptional regulator, XRE family  75.34 
 
 		 510 aa  815    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000799  predicted transcriptional regulator  67.98 
 
 		 467 aa  655    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4059  XRE family transcriptional regulator  75.05 
 
 		 510 aa  807    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0218  transciptional regulator  74.9 
 
 		 508 aa  798    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3851  XRE family transcriptional regulator  75.44 
 
 		 510 aa  811    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3944  XRE family transcriptional regulator  75.25 
 
 		 510 aa  809    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3903  transcriptional regulator, XRE family protein  73.15 
 
 		 511 aa  793    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1175  hypothetical protein  76.6 
 
 		 62 aa  82.4  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.64 
 
 		 481 aa  62  0.00000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2248  transcriptional regulator, XRE family  28.65 
 
 		 505 aa  59.7  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.99928  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2962  hypothetical protein  22.84 
 
 		 476 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0436229  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  23.75 
 
 		 495 aa  58.5  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  24.88 
 
 		 490 aa  56.2  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1013  XRE family transcriptional regulator  23.7 
 
 		 491 aa  56.6  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  39.73 
 
 		 200 aa  53.1  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0072  transcriptional regulator, XRE family  21.97 
 
 		 488 aa  50.8  0.00005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0809805 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02070  predicted transcriptional regulator  22.84 
 
 		 488 aa  50.8  0.00006  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65950  putative transcriptional regulator  38.03 
 
 		 199 aa  49.3  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2913  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 199 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  21.87 
 
 		 504 aa  49.3  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2821  XRE family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 199 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2868  Cro/CI family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 199 aa  48.5  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5722  putative transcriptional regulator  36.59 
 
 		 199 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1456  xenobiotic response element family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 188 aa  47.8  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.01823e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  21.58 
 
 		 490 aa  47.4  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  32.88 
 
 		 105 aa  47  0.0008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2046  XRE family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 205 aa  47  0.0008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.298774  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  22.11 
 
 		 477 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  22.11 
 
 		 477 aa  46.6  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  22.06 
 
 		 505 aa  46.6  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  37.35 
 
 		 204 aa  45.8  0.002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2636  transcriptional regulator, XRE family  24.43 
 
 		 496 aa  45.8  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2021  transcriptional regulator, XRE family  19.6 
 
 		 500 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0325  XRE family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 192 aa  45.1  0.003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4917  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 184 aa  45.1  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1587  helix-turn-helix domain-containing protein  31.52 
 
 		 192 aa  44.7  0.004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.494606  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  23.76 
 
 		 489 aa  44.7  0.004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 191 aa  43.9  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  21.5 
 
 		 504 aa  43.5  0.008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4867  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 192 aa  43.5  0.009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5414  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 192 aa  43.5  0.009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0114  XRE family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 193 aa  43.5  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1039  MerR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 192 aa  43.5  0.01  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>