106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1875 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_1875  putative phage repressor  100 
 
 		 244 aa  500  1e-141  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2167  putative phage repressor  93.03 
 
 		 244 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.117586  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3262  putative phage repressor  55.74 
 
 		 241 aa  271  6e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1011  putative phage repressor  54.09 
 
 		 218 aa  229  3e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.763396  unclonable  0.00000301408 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1648  putative phage repressor  39.92 
 
 		 230 aa  174  8e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00656681  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4606  transcriptional regulator  41.46 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52530  transcriptional regulator  41.46 
 
 		 237 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000132202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0740  putative phage repressor  40.32 
 
 		 240 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2563  putative phage repressor  40.68 
 
 		 225 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3268  transciptional regulator  38.87 
 
 		 229 aa  167  1e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000953974  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0768  putative phage repressor  38.87 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.194498  hitchhiker  0.000185751 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  40.32 
 
 		 233 aa  167  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0767  putative phage repressor  40.32 
 
 		 233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.420477  normal  0.277646 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3616  putative phage repressor  39.92 
 
 		 233 aa  166  4e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0874136  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0755  transcriptional regulator PrtR  40.73 
 
 		 256 aa  166  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.011984  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07960  transcriptional regulator PrtR  38.89 
 
 		 256 aa  165  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0101148  hitchhiker  0.000834984 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3964  putative phage repressor  36.4 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.072898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3371  putative phage repressor  39.27 
 
 		 229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.0000000000119805  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3495  putative phage repressor  38.46 
 
 		 229 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000058003  unclonable  0.00000889639 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1965  putative phage repressor  36.99 
 
 		 263 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.526038  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2622  putative phage repressor  35.97 
 
 		 243 aa  156  2e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000146435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2990  prophage LambdaSo, Cro/CI family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 272 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0808  putative repressor protein  38.37 
 
 		 251 aa  118  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.768996  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4049  putative phage repressor  32.55 
 
 		 248 aa  111  9e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00309972  hitchhiker  0.0000000001929 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1135  phage repressor  35.42 
 
 		 270 aa  105  8e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2924  putative phage repressor  32.24 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1840  putative phage repressor  31.43 
 
 		 270 aa  99  7e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.100687  hitchhiker  0.0000604594 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2775  putative phage repressor  31.84 
 
 		 264 aa  98.6  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  29.84 
 
 		 205 aa  91.3  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3211  putative phage repressor  30.13 
 
 		 248 aa  88.2  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.02032 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4418  putative phage repressor  28.1 
 
 		 213 aa  82  0.000000000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000888993  normal  0.473724 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4446  putative phage repressor  29.15 
 
 		 209 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3237  putative repressor protein  32.27 
 
 		 204 aa  77  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.150382  hitchhiker  0.000476613 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0721  transcriptional regulator, putative  28.43 
 
 		 243 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0623  peptidase S24, S26A and S26B  27.94 
 
 		 243 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.471102 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  26.64 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4997  transcriptional regulator  24.5 
 
 		 246 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.357527 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0998  transcriptional regulator, putative  27.2 
 
 		 243 aa  68.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000689636  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  28.87 
 
 		 216 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3550  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  27.01 
 
 		 235 aa  62.8  0.000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000497465  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0589  transcriptional regulator  24.19 
 
 		 233 aa  62.8  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009999  Sbal195_4635  putative phage repressor  25.62 
 
 		 214 aa  62.4  0.000000007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.671239 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1500  phage lambda repressor protein. Serine peptidase. MEROPS family S24  32.73 
 
 		 220 aa  57.4  0.0000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000043506  normal  0.0115826 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0576  hypothetical protein  25 
 
 		 233 aa  56.2  0.0000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.664353  normal  0.991139 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  26.36 
 
 		 264 aa  56.2  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0726  putative phage repressor  25.4 
 
 		 225 aa  55.5  0.0000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.255707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0537  transcriptional regulator, putative  25.48 
 
 		 278 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1999  putative phage repressor  25.91 
 
 		 247 aa  53.9  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148968  normal  0.25035 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1750  putative prophage repressor  42.03 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.141014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  25 
 
 		 233 aa  53.5  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0352  putative phage repressor  23.48 
 
 		 261 aa  53.1  0.000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00411274 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0189  putative phage repressor  26.22 
 
 		 211 aa  53.1  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0817  putative phage repressor  38.1 
 
 		 205 aa  52  0.000008  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0582  transcriptional regulator  25.74 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.794333 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2128  putative phage repressor  33.09 
 
 		 231 aa  50.1  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2927  XRE family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 204 aa  50.1  0.00003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.035933  normal  0.395861 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2330  putative phage repressor  27.69 
 
 		 302 aa  50.1  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.965048  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1365  putative phage repressor  26.36 
 
 		 227 aa  50.1  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1272  putative phage repressor  33.09 
 
 		 263 aa  49.7  0.00004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2371  putative phage repressor  31.45 
 
 		 233 aa  49.3  0.00005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1980  transcriptional regulator, putative  21.59 
 
 		 219 aa  48.9  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00751555  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0272  putative phage repressor  30.85 
 
 		 235 aa  48.9  0.00007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1510  putative phage repressor  24.23 
 
 		 212 aa  48.9  0.00007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.432994  normal  0.193235 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2471  putative prophage repressor  40.32 
 
 		 216 aa  48.5  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.894795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4824  putative phage repressor  31.62 
 
 		 216 aa  48.1  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.852274  normal  0.393285 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1689  putative phage repressor  24 
 
 		 239 aa  48.5  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0556751 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  42.37 
 
 		 347 aa  47.8  0.0002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0335  putative phage repressor  27.98 
 
 		 230 aa  47  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2481  putative phage repressor  24.3 
 
 		 230 aa  47.8  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0130  putative prophage repressor  38.1 
 
 		 216 aa  47  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2067  putative phage repressor  22.49 
 
 		 247 aa  47  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000502138  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0641  prophage MuSo1, Cro/CI family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 240 aa  46.6  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3025  XRE family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 188 aa  46.6  0.0004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314698  normal  0.932142 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4531  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 174 aa  45.8  0.0005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1192  putative phage repressor  32.37 
 
 		 252 aa  45.8  0.0005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1065  putative phage repressor  22.81 
 
 		 209 aa  46.2  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.518416  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2178  putative phage repressor  27.78 
 
 		 213 aa  45.8  0.0006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0386181  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0819  putative phage repressor  26.42 
 
 		 229 aa  45.4  0.0007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1249  repressor protein C2  37.88 
 
 		 218 aa  45.4  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000393675  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1409  putative phage repressor  31.91 
 
 		 210 aa  45.4  0.0008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0696097  normal  0.123244 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  44.07 
 
 		 367 aa  45.4  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0370  putative transcriptional regulator  26.54 
 
 		 210 aa  44.7  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.128546  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4243  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 229 aa  44.7  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2366  peptidase  23.98 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0000799679  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1743  putative phage repressor  30.93 
 
 		 235 aa  45.1  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.487543 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  44.07 
 
 		 367 aa  45.4  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3076  transcriptional regulator  25.26 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.0011023  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3421  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 154 aa  45.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3896  Cro/CI family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 215 aa  44.3  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00353592 
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  34.52 
 
 		 347 aa  44.7  0.002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5795  putative transcription regulator  39.06 
 
 		 154 aa  43.9  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.372775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0710  putative phage repressor  23.81 
 
 		 238 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1261  putative phage repressor  29.32 
 
 		 236 aa  44.3  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000205761 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2575  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 230 aa  43.9  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.556687 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0805  conserved hypothetical protein, putative peptidase S24  32.53 
 
 		 211 aa  43.9  0.002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2114  putative phage repressor  22.09 
 
 		 247 aa  43.5  0.003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00404649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  38.67 
 
 		 196 aa  43.5  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2283  putative phage repressor  25.16 
 
 		 292 aa  43.1  0.004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00298807  unclonable  0.0000000000471179 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1024  phage repressor  23.35 
 
 		 265 aa  42.7  0.005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.277837  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  42.37 
 
 		 367 aa  43.1  0.005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>