49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0018 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0018  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 347 aa  710    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4039  helix-turn-helix domain-containing protein  32.49 
 
 		 356 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1365  helix-turn-helix domain-containing protein  32.85 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0823  helix-turn-helix domain-containing protein  31.36 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2853  helix-turn-helix domain protein  31.81 
 
 		 355 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3468  helix-turn-helix domain protein  30.51 
 
 		 367 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1951  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 367 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0686  helix-turn-helix domain protein  31.23 
 
 		 349 aa  137  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0820462  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2812  helix-turn-helix domain protein  32.09 
 
 		 347 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1391  hypothetical protein  27.76 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1603  adenine deaminase  29.07 
 
 		 347 aa  116  6e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.000000366307  hitchhiker  0.000640003 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2790  helix-turn-helix domain protein  29.43 
 
 		 393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.783266 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4169  helix-turn-helix domain protein  29.45 
 
 		 363 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00295679  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2629  helix-turn-helix domain protein  27.5 
 
 		 359 aa  87.4  4e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000486694  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0104  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 372 aa  82  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0634562  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2694  protein of unknown function DUF955  25.54 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00279069  normal  0.0238985 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12052  transcriptional regulator  26.88 
 
 		 346 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.12403  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6153  protein of unknown function DUF955  24.25 
 
 		 359 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.782766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1331  protein of unknown function DUF955  25.47 
 
 		 401 aa  69.3  0.00000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  unclonable  0.000000000196734  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1622  putative DNA-binding protein  25.18 
 
 		 352 aa  67  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.139864  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3665  hypothetical protein  26.38 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00323542  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  27.44 
 
 		 356 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3472  hypothetical protein  24.54 
 
 		 355 aa  63.9  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645952  unclonable  0.000000776593 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3866  protein of unknown function DUF955  28.97 
 
 		 357 aa  63.2  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000210124  normal  0.0502715 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4388  helix-turn-helix domain-containing protein  23.08 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3355  hypothetical protein  26.18 
 
 		 354 aa  62  0.00000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  hitchhiker  0.0000160143  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  23.84 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3160  protein of unknown function DUF955  26.5 
 
 		 404 aa  60.8  0.00000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.208418  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0062  hypothetical protein  27.67 
 
 		 394 aa  59.7  0.00000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1909  hypothetical protein  27.76 
 
 		 376 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000017114  decreased coverage  0.00513377 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1489  hypothetical protein  25.88 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0715409  decreased coverage  0.000118566 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1625  hypothetical protein  23.69 
 
 		 366 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1350  hypothetical protein  24.8 
 
 		 362 aa  56.6  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0188  hypothetical protein  25.83 
 
 		 383 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138963  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4600  protein of unknown function DUF955  25.58 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4968  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 372 aa  56.2  0.0000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0119707 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2224  protein of unknown function DUF955  24.13 
 
 		 399 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.000000122328  unclonable  0.000000000370902 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4792  hypothetical protein  32.74 
 
 		 395 aa  55.1  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3976  hypothetical protein  25.17 
 
 		 355 aa  52.8  0.000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14662  normal  0.346708 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0138  hypothetical protein  21 
 
 		 391 aa  48.5  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.217596  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0133  hypothetical protein  21 
 
 		 391 aa  48.5  0.0001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3570  hypothetical protein  25.3 
 
 		 372 aa  48.5  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.854766  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 256 aa  45.4  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3835  protein of unknown function DUF955  26.16 
 
 		 370 aa  43.9  0.004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3983  putative phage repressor  44.07 
 
 		 240 aa  43.9  0.004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00000900431  normal  0.128218 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  42.86 
 
 		 182 aa  43.9  0.004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1457  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 188 aa  43.1  0.008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  2.96188e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 149 aa  42.7  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  37.5 
 
 		 149 aa  42.7  0.01  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>