122 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0006 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_0006  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 185 aa  371  1e-102  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  decreased coverage  0.000100303  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 178 aa  93.6  1e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  36.64 
 
 		 142 aa  81.3  0.000000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  34.35 
 
 		 146 aa  77.4  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  51.61 
 
 		 134 aa  72.8  0.000000000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  32.79 
 
 		 145 aa  65.9  0.0000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 268 aa  62  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  34.83 
 
 		 205 aa  60.8  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  43.06 
 
 		 107 aa  60.5  0.00000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  52 
 
 		 459 aa  58.2  0.00000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0047  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 192 aa  57.4  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139805  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  30.47 
 
 		 149 aa  57.4  0.0000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  44.78 
 
 		 188 aa  57  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 197 aa  55.8  0.0000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  47.92 
 
 		 296 aa  55.8  0.0000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  35.48 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1889  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 203 aa  55.5  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  29.41 
 
 		 189 aa  55.8  0.0000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 358 aa  54.7  0.0000008  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  48.08 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 334 aa  54.3  0.0000009  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0006  transcriptional regulator  26.19 
 
 		 186 aa  53.9  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00549324  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 85 aa  53.9  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  29.58 
 
 		 338 aa  53.9  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 185 aa  53.5  0.000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  47.17 
 
 		 362 aa  53.5  0.000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  27.7 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  47.73 
 
 		 200 aa  53.1  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 147 aa  52.8  0.000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 273 aa  52.4  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1626  putative phage repressor  41.94 
 
 		 244 aa  52.4  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 261 aa  52  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  26.13 
 
 		 320 aa  52  0.000005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  28.46 
 
 		 149 aa  51.2  0.000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 		 312 aa  51.2  0.000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  28.46 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  34.55 
 
 		 235 aa  50.8  0.00001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 149 aa  50.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 380 aa  50.4  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  28.91 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  27.69 
 
 		 149 aa  50.4  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  32.26 
 
 		 196 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  41.18 
 
 		 272 aa  50.8  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 115 aa  50.1  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 115 aa  50.1  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2840  transcriptional regulator, XRE family  41.51 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  46.67 
 
 		 149 aa  50.4  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  44 
 
 		 293 aa  49.3  0.00003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  38.33 
 
 		 328 aa  48.9  0.00004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  28.12 
 
 		 197 aa  48.5  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2391  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 247 aa  48.5  0.00005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.274459 
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 143 aa  48.5  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 		 262 aa  48.1  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  33.96 
 
 		 92 aa  47.4  0.0001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 206 aa  47  0.0001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3588  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 103 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4003  DNA-binding protein  45.45 
 
 		 103 aa  47.4  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3722  XRE family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 103 aa  47.4  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0676164  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  27.69 
 
 		 262 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25910  looped-hinge helix DNA binding domain, AbrB family  34.57 
 
 		 144 aa  47.4  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 262 aa  46.6  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 115 aa  46.2  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 244 aa  46.6  0.0002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 262 aa  47  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  39.62 
 
 		 277 aa  46.2  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 359 aa  46.2  0.0003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.54 
 
 		 114 aa  45.8  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  36.54 
 
 		 114 aa  45.8  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2190  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 222 aa  46.2  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1254  transcriptional regulator, XRE family  33.96 
 
 		 364 aa  46.2  0.0003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  37.25 
 
 		 210 aa  45.8  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 327 aa  45.4  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  47.73 
 
 		 197 aa  45.4  0.0004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0134  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 104 aa  45.4  0.0005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 93 aa  45.4  0.0005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 		 395 aa  45.1  0.0006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  46.94 
 
 		 235 aa  45.1  0.0007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1978  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 183 aa  44.7  0.0007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 374 aa  45.1  0.0007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2146  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 206 aa  44.7  0.0007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0483341  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06790  hypothetical protein  40.62 
 
 		 187 aa  44.3  0.0009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.171424  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  28 
 
 		 189 aa  43.9  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  37.74 
 
 		 206 aa  43.9  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1350  DNA-binding protein  40 
 
 		 62 aa  44.3  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 322 aa  44.3  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1674  hypothetical protein  30 
 
 		 133 aa  43.5  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  42.31 
 
 		 114 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1657  hypothetical protein  30 
 
 		 133 aa  43.5  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.159072  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  42.31 
 
 		 114 aa  43.1  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  33.9 
 
 		 179 aa  43.1  0.002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  37.29 
 
 		 175 aa  43.5  0.002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 112 aa  43.1  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2020  putative phage repressor  33.33 
 
 		 233 aa  43.5  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0868068  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1855  DNA-binding protein  30 
 
 		 131 aa  43.1  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.18378e-23 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  36.73 
 
 		 104 aa  43.1  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 137 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>