299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4776 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 111 aa  217  3.9999999999999997e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  41.28 
 
 		 114 aa  75.9  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  42.45 
 
 		 113 aa  75.9  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 334 aa  53.9  0.0000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0801  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 111 aa  53.5  0.0000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000260527  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  32.31 
 
 		 137 aa  53.5  0.000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  38.55 
 
 		 145 aa  52.8  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6405  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 189 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146143  normal  0.496408 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 210 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 135 aa  51.6  0.000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 142 aa  52  0.000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  45.9 
 
 		 203 aa  52  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  33.33 
 
 		 149 aa  51.6  0.000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15930  predicted transcriptional regulator  46.94 
 
 		 72 aa  51.2  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000543618  hitchhiker  0.000000237472 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 142 aa  51.2  0.000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0218  Cro/CI family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 158 aa  50.8  0.000006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.631577  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 92 aa  50.8  0.000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 198 aa  50.8  0.000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  35.29 
 
 		 149 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 128 aa  50.4  0.000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  46.3 
 
 		 95 aa  50.8  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 149 aa  50.4  0.000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 149 aa  50.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  44.07 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  41.82 
 
 		 90 aa  49.7  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  42.31 
 
 		 149 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  39.66 
 
 		 327 aa  48.9  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  36.07 
 
 		 81 aa  48.9  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4003  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.168012 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3515  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 73 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4720  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 327 aa  48.5  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2103  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 191 aa  48.1  0.00004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5130  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.31 
 
 		 188 aa  47.8  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.87177  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 119 aa  47.8  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1349  immunity repressor protein  36.84 
 
 		 144 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 106 aa  47.8  0.00006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 76 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 197 aa  47.4  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2624  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 73 aa  47.4  0.00007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.930034 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0679  transcriptional regulator, XRE family  34.69 
 
 		 105 aa  47.4  0.00007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0122  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 91 aa  47.4  0.00007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2878  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 322 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00252317  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 163 aa  47.4  0.00008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 321 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  32.65 
 
 		 149 aa  46.6  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5929  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 202 aa  47  0.0001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.828276  normal  0.0967353 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2481  DNA-binding protein  32.58 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00193646  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2463  DNA-binding protein  32.56 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 69 aa  45.8  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2279  DNA-binding protein  32.56 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.268468  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  30.11 
 
 		 191 aa  45.8  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 		 188 aa  45.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3112  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 208 aa  45.4  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000156006  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0931  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0197  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.846925  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0364  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.854921  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2542  DNA-binding protein  32.56 
 
 		 185 aa  45.4  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1820  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2448  DNA-binding protein  32.56 
 
 		 185 aa  45.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.191992  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2075  helix-turn-helix domain protein  37.5 
 
 		 196 aa  45.8  0.0002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.241547  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1410  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  33.9 
 
 		 188 aa  45.8  0.0002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  47.17 
 
 		 296 aa  46.2  0.0002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0450  DNA-binding protein  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.40319  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 142 aa  45.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  37.7 
 
 		 194 aa  45.4  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  44.83 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2197  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.26325  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1907  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.512195  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 188 aa  45.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  36.51 
 
 		 245 aa  45.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2271  transcriptional regulator, XRE family  43.14 
 
 		 141 aa  45.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.571583 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  44.83 
 
 		 133 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  45.4  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  38.71 
 
 		 210 aa  45.1  0.0003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.38 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  37.74 
 
 		 191 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 191 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0514  DNA-binding protein  36.23 
 
 		 328 aa  44.7  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00329657 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 191 aa  45.1  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  39.29 
 
 		 182 aa  44.3  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2015  Cro/CI family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 99 aa  44.7  0.0005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00850971  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2239  transcriptional regulator  32.56 
 
 		 185 aa  44.7  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0224117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 207 aa  44.7  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 189 aa  44.7  0.0005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0810  transcriptional regulator  42.11 
 
 		 79 aa  44.3  0.0005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0185254  normal  0.0445956 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1514  hypothetical protein  42.25 
 
 		 327 aa  44.7  0.0005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  31.63 
 
 		 206 aa  44.7  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3044  putative phage repressor  42.62 
 
 		 264 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2542  transcriptional regulator, XRE family  32.73 
 
 		 116 aa  44.3  0.0006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.054294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 163 aa  44.3  0.0006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 185 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>