114 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1912 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  100 
 
 		 258 aa  531  1e-150  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  51.15 
 
 		 259 aa  278  5e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  40.84 
 
 		 250 aa  211  9e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  34.59 
 
 		 279 aa  167  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2028  transcriptional regulator, XRE family  38.11 
 
 		 273 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1968  XRE family transcriptional regulator  43.23 
 
 		 257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749676  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0655  putative phage repressor  37.1 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.119193  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4920  putative phage repressor  34.3 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0540753 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  33.54 
 
 		 394 aa  104  1e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13403  hypothetical protein  27.41 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  29.58 
 
 		 206 aa  73.9  0.000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1743  transcriptional regulator, XRE family  26.53 
 
 		 402 aa  65.5  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  25 
 
 		 240 aa  64.3  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5589  putative phage repressor  29.32 
 
 		 237 aa  60.1  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  30 
 
 		 233 aa  59.3  0.00000006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  46.55 
 
 		 281 aa  58.2  0.0000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 152 aa  54.7  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  37.68 
 
 		 338 aa  55.1  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  37.93 
 
 		 200 aa  54.3  0.000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  42.86 
 
 		 67 aa  53.5  0.000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  34.33 
 
 		 117 aa  52.8  0.000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 231 aa  52.4  0.000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2448  transcriptional regulator, XRE family  27.1 
 
 		 196 aa  52.4  0.000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000416057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  32.84 
 
 		 87 aa  50.1  0.00003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  38.1 
 
 		 114 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  38.1 
 
 		 114 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0234  transcriptional regulator  36.36 
 
 		 108 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00111986  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0188  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 108 aa  48.9  0.00009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000978101  hitchhiker  1.67724e-41 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3459  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 145 aa  48.1  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00424563  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0067  hypothetical protein  40 
 
 		 240 aa  48.1  0.0001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3465  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 142 aa  48.5  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  30.16 
 
 		 320 aa  48.1  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  36.67 
 
 		 114 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  36.67 
 
 		 114 aa  47.8  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  39.29 
 
 		 114 aa  47.4  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1157  XRE family transcriptional regulator  34 
 
 		 106 aa  47.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00152463  hitchhiker  0.0000187625 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  34.92 
 
 		 301 aa  47.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 163 aa  47  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  27.27 
 
 		 205 aa  47  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 362 aa  46.2  0.0005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1991  Cro/CI family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 204 aa  46.2  0.0006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 210 aa  45.8  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  33.87 
 
 		 142 aa  46.2  0.0006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  36.51 
 
 		 110 aa  45.8  0.0006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 75 aa  46.2  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 75 aa  46.2  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 75 aa  46.2  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  33.87 
 
 		 126 aa  45.8  0.0007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 300 aa  45.8  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1715  XRE family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 152 aa  45.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000119777  normal  0.864438 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  39.34 
 
 		 252 aa  45.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0424  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0321  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000250107  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 137 aa  45.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 125 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0328  transcriptional regulator, XRE family  29.27 
 
 		 191 aa  44.7  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000000353964  normal  1 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  26.38 
 
 		 231 aa  45.1  0.001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 125 aa  45.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5487  hypothetical protein  41.67 
 
 		 269 aa  45.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  30.3 
 
 		 352 aa  45.1  0.001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2992  hypothetical protein  38.18 
 
 		 67 aa  44.3  0.002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.169879  hitchhiker  0.00733208 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0323  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 191 aa  44.3  0.002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000000737434  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 135 aa  43.9  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2433  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 132 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000213647 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 125 aa  44.7  0.002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0843  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 130 aa  43.9  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0327  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 191 aa  44.7  0.002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000523898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 114 aa  43.9  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0031  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 211 aa  44.3  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.60803e-35  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2431  transcriptional regulator, XRE family  29.13 
 
 		 125 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000620136 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  33.87 
 
 		 131 aa  44.3  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  31.58 
 
 		 65 aa  44.3  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3700  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 191 aa  43.5  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000696836  normal  0.275941 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2142  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 175 aa  43.9  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 170 aa  43.5  0.003  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4967  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 65 aa  43.5  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 111 aa  43.5  0.003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0251  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 72 aa  43.1  0.004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0054  prophage repressor protein  32.39 
 
 		 114 aa  43.1  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.515617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0319  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 191 aa  43.1  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000379854  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  24.39 
 
 		 187 aa  43.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4868  DNA-binding protein; transcriptional regulator  37.29 
 
 		 68 aa  43.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5404  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 70 aa  43.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 380 aa  43.1  0.005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  25.16 
 
 		 205 aa  42.7  0.005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2436  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 104 aa  43.1  0.005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  33.87 
 
 		 369 aa  42.7  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  30 
 
 		 359 aa  42.7  0.006  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0944  transcriptional regulator  29.51 
 
 		 189 aa  42.7  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 85 aa  42.7  0.006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0219  putative phage repressor  25.79 
 
 		 235 aa  42.7  0.006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.449525  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 123 aa  42.7  0.006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5666  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 65 aa  42.7  0.006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4668  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 183 aa  42.4  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.443743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0759  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 70 aa  42.4  0.007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0324  XRE family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 191 aa  42.4  0.008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000421536  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 179 aa  42.4  0.008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5278  DNA-binding protein  37.93 
 
 		 66 aa  42  0.009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 179 aa  42  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 273 aa  42  0.009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>