81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2448 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2448  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 196 aa  397  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.000416057  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  40.54 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2912  XRE family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 200 aa  57.8  0.0000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  40.98 
 
 		 200 aa  57.4  0.0000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 231 aa  52.8  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  36.51 
 
 		 293 aa  53.1  0.000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  27.1 
 
 		 258 aa  52.4  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  36.21 
 
 		 206 aa  51.6  0.000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_011656  BCAH187_E0031  transcriptional regulator, MerR family  36.49 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.60803e-35  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1390  transcriptional regulator  37.18 
 
 		 252 aa  50.1  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.163834  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00900  predicted transcriptional regulator  41.27 
 
 		 369 aa  50.4  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.506264 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 374 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  45.28 
 
 		 374 aa  49.7  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0844  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 142 aa  50.1  0.00002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.0958964 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  45.28 
 
 		 374 aa  50.1  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 374 aa  50.1  0.00002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2037  Cro/CI family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 358 aa  50.1  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.64032  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 374 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0065  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 273 aa  49.7  0.00003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  45.28 
 
 		 374 aa  49.7  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0637  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  49.7  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000152617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0575  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 115 aa  49.7  0.00003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000142648  normal  0.969931 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0730  XRE family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 85 aa  48.5  0.00006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00000239544  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  31.88 
 
 		 338 aa  48.5  0.00006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0428  prophage lambdaba04, DNA-binding protein  38.33 
 
 		 114 aa  48.5  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.663163  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0416  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  38.33 
 
 		 114 aa  48.5  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  44.23 
 
 		 374 aa  48.5  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4130  prophage lambdaba02, repressor protein  35.48 
 
 		 114 aa  48.5  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.05101  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3833  prophage LambdaBa02, repressor protein  35.48 
 
 		 114 aa  48.5  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 142 aa  48.1  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1578  helix-turn-helix domain protein  32.26 
 
 		 262 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00571888  normal  0.126267 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  42.31 
 
 		 374 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1982  Cro/CI family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 359 aa  47.4  0.0001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1445  transcriptional regulator, XRE family  39.29 
 
 		 147 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.275315  normal  0.432426 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1286  transcriptional regulator, XRE family  32.63 
 
 		 197 aa  47.8  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0709374  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3317  XRE family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 262 aa  47.4  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00645923  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3663  helix-turn-helix domain protein  32.26 
 
 		 262 aa  47  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0164225  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 242 aa  46.6  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0733  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 161 aa  47  0.0002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1789  transcriptional regulator, XRE family  31.17 
 
 		 198 aa  47  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000770501  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3652  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 262 aa  47  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0250948  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03030  SOS response transcriptional repressor, RecA-mediated autopeptidase  32.5 
 
 		 228 aa  46.2  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  unclonable  0.0000000274718  hitchhiker  1.62281e-36 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 368 aa  46.2  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  38.24 
 
 		 163 aa  46.2  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  37.88 
 
 		 259 aa  46.2  0.0003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_008496  LEUM_A15  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 204 aa  45.4  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.659709  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 137 aa  45.4  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 362 aa  45.4  0.0006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  30.95 
 
 		 394 aa  44.7  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00600  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 127 aa  44.3  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1953  normal  0.198014 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 113 aa  44.7  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0966  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 277 aa  43.9  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  33.33 
 
 		 149 aa  44.7  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 374 aa  44.3  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1716  Cro/CI family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 197 aa  44.7  0.001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.229171  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1010  XRE family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 370 aa  43.9  0.001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  30.1 
 
 		 135 aa  43.5  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1881  DNA-binding protein  30.65 
 
 		 142 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  27.06 
 
 		 436 aa  43.5  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0150  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 197 aa  43.9  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.172339  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2589  transcriptional regulator, XRE family  27.42 
 
 		 320 aa  43.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0136414  hitchhiker  0.0041808 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 		 312 aa  43.5  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0051  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 138 aa  43.5  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0097  XRE family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 163 aa  43.1  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000770328  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2738  XRE family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 142 aa  42.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1604  DNA-binding protein  33.33 
 
 		 114 aa  42.7  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00115974  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18420  predicted transcriptional regulator  32.14 
 
 		 149 aa  43.1  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.189768  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25650  predicted transcriptional regulator  31.58 
 
 		 194 aa  42.7  0.003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 261 aa  43.1  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 123 aa  42.7  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 146 aa  42.4  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  32.79 
 
 		 149 aa  42.4  0.004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  28.77 
 
 		 87 aa  42.4  0.005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0162  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 145 aa  42  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000550867  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2845  hypothetical protein  30 
 
 		 142 aa  42.4  0.005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0016  XRE family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 185 aa  42  0.005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1239  transcriptional regulator, XRE family  30.88 
 
 		 235 aa  41.6  0.007  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25890  predicted transcriptional regulator  38 
 
 		 272 aa  41.6  0.007  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1064  transcriptional regulator, XRE family  34.67 
 
 		 206 aa  41.6  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0300833  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 268 aa  41.6  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3095  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 152 aa  41.6  0.008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>