111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2342 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 279 aa  573  1.0000000000000001e-162  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2028  transcriptional regulator, XRE family  53.53 
 
 		 273 aa  323  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  34.59 
 
 		 258 aa  167  2e-40  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1968  XRE family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 257 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  32.95 
 
 		 250 aa  139  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4920  putative phage repressor  31.15 
 
 		 255 aa  95.5  8e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0540753 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0655  putative phage repressor  29.89 
 
 		 277 aa  90.1  3e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.119193  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13403  hypothetical protein  32.06 
 
 		 255 aa  87  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  23.9 
 
 		 394 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1743  transcriptional regulator, XRE family  37.23 
 
 		 402 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2981  transcriptional regulator, XRE family  34.94 
 
 		 312 aa  51.6  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 115 aa  51.2  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3687  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 79 aa  50.4  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1022  DNA-binding protein  28.57 
 
 		 149 aa  50.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000116919  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0956  DNA-binding protein  36.36 
 
 		 92 aa  49.7  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00187553  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1107  helix-turn-helix domain protein  40.58 
 
 		 410 aa  49.3  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  32.39 
 
 		 87 aa  49.7  0.00006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  20.36 
 
 		 240 aa  49.3  0.00007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 231 aa  49.3  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1063  hypothetical protein  37.88 
 
 		 149 aa  48.9  0.00008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0001043  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  40.91 
 
 		 131 aa  48.9  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_007107  pE33L9_0007  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 143 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.479978  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1103  hypothetical protein  36.36 
 
 		 149 aa  48.5  0.0001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23911e-56 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1123  transcriptional regulator, XRE family  45.76 
 
 		 66 aa  48.5  0.0001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5366  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 65 aa  48.9  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.53351  normal  0.352058 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2740  transcriptional regulator, XRE family  37.14 
 
 		 395 aa  48.5  0.0001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0945  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 149 aa  48.1  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000414379  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  34.04 
 
 		 196 aa  47.8  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1796  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 206 aa  47.4  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 137 aa  47  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 123 aa  47  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1102  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 261 aa  47  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000209596  hitchhiker  0.000000000000029 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 118 aa  47  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3286  DNA-binding protein  27.42 
 
 		 179 aa  46.6  0.0005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.414425  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0248  hypothetical protein  25.21 
 
 		 233 aa  46.6  0.0005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0430  helix-turn-helix domain-containing protein  34.92 
 
 		 356 aa  46.2  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.177138  hitchhiker  0.0000000020389 
 
 
-
 
NC_011665  Sbal223_4494  putative phage repressor  25.29 
 
 		 231 aa  46.6  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  42.19 
 
 		 200 aa  46.6  0.0005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1819  XRE family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 69 aa  46.2  0.0006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.344657  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 61 aa  46.2  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0944  DNA-binding protein transcriptional regulator  34.85 
 
 		 149 aa  45.8  0.0007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000485883  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 210 aa  46.2  0.0007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  32.99 
 
 		 387 aa  45.8  0.0007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3871  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 72 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3920  transcriptional regulator, XRE family  30.77 
 
 		 72 aa  45.8  0.0008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  decreased coverage  0.00000806628  normal  0.211868 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  41.27 
 
 		 71 aa  45.8  0.0008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 70 aa  45.4  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3519  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 71 aa  45.4  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  34.38 
 
 		 73 aa  45.1  0.001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4236  hypothetical protein  34.85 
 
 		 149 aa  45.4  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00014165  hitchhiker  0.0000000209993 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 142 aa  44.7  0.002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 72 aa  44.7  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 362 aa  44.7  0.002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  27.22 
 
 		 477 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0820  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 79 aa  44.3  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0102782 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1957  XRE family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 410 aa  43.5  0.003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4042  molybdate metabolism transcriptional regulator  28.95 
 
 		 376 aa  43.9  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.805509  normal  0.419577 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0207  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 63 aa  44.3  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12593  repressor protein  35.48 
 
 		 67 aa  43.9  0.003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  37.1 
 
 		 64 aa  43.9  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  36.84 
 
 		 181 aa  43.9  0.003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1497  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 71 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.764708  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  26.67 
 
 		 477 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1565  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 75 aa  43.9  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1576  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 75 aa  43.9  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1587  transcriptional regulator, XRE family  33.82 
 
 		 75 aa  43.9  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2814  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 128 aa  43.9  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1931  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  40.62 
 
 		 352 aa  43.5  0.003  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.584244  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1885  transcriptional regulator, XRE family  42.59 
 
 		 68 aa  43.9  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000259455 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  42.37 
 
 		 80 aa  43.5  0.004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0831  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 183 aa  43.5  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000078794  normal  0.173113 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 125 aa  43.5  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  32.26 
 
 		 377 aa  43.5  0.004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0650  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 110 aa  43.5  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23690  predicted transcriptional regulator  38.46 
 
 		 338 aa  43.1  0.004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000476892  normal  0.626882 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 477 aa  43.1  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3162  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 204 aa  43.1  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443793  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2812  peptidase  22.07 
 
 		 216 aa  42.7  0.006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.354301 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1338  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 198 aa  43.1  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0752  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 69 aa  42.7  0.006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.273056  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2052  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 		 84 aa  42.7  0.006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.14736  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 181 aa  42.7  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 135 aa  42.7  0.006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011314  VSAL_p320_13  putative peptidase, S24-like  26.47 
 
 		 205 aa  42.7  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.568691  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0019  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 68 aa  42.7  0.006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3233  transcriptional regulator, XRE family  35.29 
 
 		 204 aa  42.7  0.006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0465  transcriptional regulator, XRE family  37.08 
 
 		 163 aa  43.1  0.006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00289124  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4519  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 101 aa  42.4  0.007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4366  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 101 aa  42.7  0.007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0270567  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0692  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 74 aa  42.7  0.007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.782082  normal  0.118291 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4871  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 101 aa  42.4  0.007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4195  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 204 aa  42.7  0.007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1407  transcriptional regulator, XRE family  29.76 
 
 		 113 aa  42.7  0.007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000410599  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4713  transcriptional regulator  33.82 
 
 		 75 aa  42.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0830303  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4729  transcriptional regulator  33.82 
 
 		 75 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.693705  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1907  XRE family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 107 aa  42.4  0.008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6140  transcriptional regulator, XRE family  29.8 
 
 		 466 aa  42.4  0.008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.29056  normal  0.20843 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5112  hypothetical protein  33.82 
 
 		 75 aa  42.4  0.008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1401  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 108 aa  42.4  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>