200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0012 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  100 
 
 		 131 aa  269  1e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  66.94 
 
 		 125 aa  174  3e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  68.42 
 
 		 125 aa  161  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  69.3 
 
 		 125 aa  160  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  55.74 
 
 		 126 aa  144  3e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  60.36 
 
 		 142 aa  144  4.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0843  XRE family transcriptional regulator  54.62 
 
 		 130 aa  142  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3114  XRE family transcriptional regulator  57.76 
 
 		 120 aa  132  9.999999999999999e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1245  XRE family transcriptional regulator  57.98 
 
 		 127 aa  131  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.664422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3488  XRE family transcriptional regulator  57.02 
 
 		 126 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1891  XRE family transcriptional regulator  56.36 
 
 		 121 aa  124  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 131 aa  107  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3601  XRE family transcriptional regulator  50 
 
 		 124 aa  96.7  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.000201761  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 137 aa  58.5  0.00000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4677  transcriptional regulator, XRE family  36.67 
 
 		 120 aa  58.2  0.00000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6541  XRE family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 118 aa  53.1  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 67 aa  51.6  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1745  XRE family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 126 aa  51.6  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000375519  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4662  hypothetical protein  30.53 
 
 		 119 aa  50.4  0.000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.700483  normal  0.0309667 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2210  putative DNA-binding protein  39.29 
 
 		 61 aa  50.4  0.000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0826  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 96 aa  49.3  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000131659  unclonable  0.000000470251 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 		 279 aa  48.9  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2786  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 		 271 aa  48.5  0.00003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842285  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0482  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0889934  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  38.16 
 
 		 132 aa  48.1  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3148  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5052  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 135 aa  47.4  0.00007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.514325  normal  1 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  29.49 
 
 		 223 aa  46.6  0.0001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 321 aa  46.2  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  37.7 
 
 		 301 aa  45.4  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1716  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 273 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  27.48 
 
 		 478 aa  45.8  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0874  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 206 aa  45.4  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000967944  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2276  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 271 aa  45.8  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 78 aa  46.2  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  33.87 
 
 		 118 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3757  XRE family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 273 aa  45.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0364  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 231 aa  45.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2451  helix-turn-helix domain protein  34.62 
 
 		 270 aa  45.4  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 477 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1263  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 117 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.197496  normal  0.35007 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2180  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 101 aa  44.7  0.0004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.165219  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0736  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 288 aa  44.7  0.0004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.831466 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0807  XRE family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 176 aa  44.7  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.163665  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3497  XRE family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 263 aa  44.7  0.0004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  30.37 
 
 		 468 aa  44.7  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1912  putative prophage repressor  37.93 
 
 		 196 aa  44.3  0.0005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  33.87 
 
 		 258 aa  44.3  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1448  transcriptional regulator, XRE family  37.65 
 
 		 117 aa  44.3  0.0005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.458013 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2725  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 272 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.692599  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2601  putative transcriptional regulator  31.48 
 
 		 127 aa  44.7  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0680466  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  32.47 
 
 		 477 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2769  XRE family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 272 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.218137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2212  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 285 aa  44.3  0.0005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7796  putative transcriptional regulator, XRE family  28.87 
 
 		 271 aa  44.7  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0239  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 115 aa  44.3  0.0006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000283783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0407  transcriptional regulator  31.96 
 
 		 108 aa  44.3  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3695  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 397 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3746  XRE family transcriptional regulator  44.68 
 
 		 397 aa  44.3  0.0006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4613  helix-turn-helix domain-containing protein  30.51 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 490 aa  43.9  0.0007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2997  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 477 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.940113  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  39.58 
 
 		 73 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0703  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 84 aa  43.9  0.0007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0826  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 446 aa  43.9  0.0007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.150864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4592  helix-turn-helix domain protein  30.51 
 
 		 113 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  27.43 
 
 		 117 aa  43.5  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  43.5  0.0008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  43.9  0.0008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10482  transcriptional regulator  34.07 
 
 		 140 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 117 aa  43.9  0.0008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  43.5  0.0009  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  35.59 
 
 		 436 aa  43.5  0.0009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 107 aa  43.5  0.0009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0079  DNA-binding protein  38.18 
 
 		 191 aa  43.5  0.001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 80 aa  43.5  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 		 181 aa  42.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 252 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0908  XRE family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1223  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  32.93 
 
 		 316 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.117145  normal  0.0124179 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0642  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.112362  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0085  putative transcriptional regulator, XRE family  29.59 
 
 		 241 aa  43.5  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0655  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0535888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0635  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 161 aa  43.1  0.001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.453741  normal  0.0430623 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0875  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 77 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000023095  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0101  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 182 aa  43.1  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0310115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  34.48 
 
 		 256 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0663  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 		 145 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>