37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2028 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2028  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 273 aa  563  1.0000000000000001e-159  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2342  transcriptional regulator, XRE family  53.53 
 
 		 279 aa  323  2e-87  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000474992  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1881  transcriptional regulator  37.84 
 
 		 259 aa  175  8e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0431466  hitchhiker  0.00212922 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  38.11 
 
 		 258 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1968  XRE family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 257 aa  137  1e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.749676  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6868  transcriptional regulator, XRE family  33.46 
 
 		 250 aa  135  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.815043  normal  0.198687 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0655  putative phage repressor  31.79 
 
 		 277 aa  88.6  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.119193  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4920  putative phage repressor  29.78 
 
 		 255 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0540753 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1213  transcriptional regulator, XRE family  27.5 
 
 		 394 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00829806  decreased coverage  0.0000499416 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13403  hypothetical protein  31.79 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1743  transcriptional regulator, XRE family  24.36 
 
 		 402 aa  52.4  0.000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00940  transcriptional regulator  25.12 
 
 		 240 aa  49.3  0.00006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.255625  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3411  transcriptional regulator, XRE family  30.69 
 
 		 183 aa  46.2  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1967  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 268 aa  45.8  0.0008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000016802  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  38.6 
 
 		 206 aa  45.8  0.0008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0850  XRE family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 182 aa  44.7  0.002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.406298  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1444  helix-turn-helix domain-containing protein  43.28 
 
 		 68 aa  44.3  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.557197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2366  transcriptional regulator, XRE family  28.33 
 
 		 184 aa  44.7  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 61 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0234  XRE family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 334 aa  44.3  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00407493  hitchhiker  0.000000000000790722 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15990  predicted transcriptional regulator  41.27 
 
 		 196 aa  44.7  0.002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000020134 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0419  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.92 
 
 		 73 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000322985  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1191  transcriptional regulator, XRE family  35.14 
 
 		 134 aa  43.9  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000106363  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0433  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.92 
 
 		 73 aa  43.9  0.003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000382522  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2436  XRE family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 68 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.109963  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0008  XRE family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 107 aa  43.5  0.003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000363546  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1096  helix-turn-helix domain-containing protein  39.68 
 
 		 182 aa  43.5  0.003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1522  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 68 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.379498  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1427  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 68 aa  43.9  0.003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1579  transcriptional regulator  39.68 
 
 		 182 aa  43.5  0.004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.168139  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  42.59 
 
 		 200 aa  43.1  0.005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 80 aa  43.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2552  transcriptional regulator  36.21 
 
 		 64 aa  42.7  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.954813 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1157  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 106 aa  42.4  0.008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00152463  hitchhiker  0.0000187625 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0510  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 114 aa  42.4  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000759518  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3849  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 		 87 aa  42.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0299228  normal  0.323457 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 380 aa  42.4  0.009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>