259 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3219 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 125 aa  256  1e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  66.94 
 
 		 131 aa  174  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  67.77 
 
 		 125 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  69.83 
 
 		 125 aa  171  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0843  XRE family transcriptional regulator  60.68 
 
 		 130 aa  149  1e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  59.82 
 
 		 126 aa  145  1.0000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  59.82 
 
 		 142 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3114  XRE family transcriptional regulator  56.9 
 
 		 120 aa  139  9.999999999999999e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1245  XRE family transcriptional regulator  57.26 
 
 		 127 aa  130  3.9999999999999996e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.664422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3488  XRE family transcriptional regulator  58.47 
 
 		 126 aa  130  6e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1891  XRE family transcriptional regulator  54.55 
 
 		 121 aa  123  7e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  47.41 
 
 		 131 aa  111  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3601  XRE family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 124 aa  87.4  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.000201761  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4677  transcriptional regulator, XRE family  42.05 
 
 		 120 aa  61.6  0.000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 137 aa  54.3  0.0000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5052  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.514325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3148  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 135 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4662  hypothetical protein  38 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.700483  normal  0.0309667 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 61 aa  52.4  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 		 67 aa  52.4  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4613  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4592  helix-turn-helix domain protein  37.93 
 
 		 113 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  39.51 
 
 		 468 aa  50.4  0.000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 223 aa  49.7  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  40.85 
 
 		 200 aa  49.7  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1745  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 126 aa  50.1  0.00001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000375519  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1621  transcriptional regulator, XRE family  50.98 
 
 		 368 aa  48.9  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  35.06 
 
 		 106 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  34.67 
 
 		 132 aa  48.5  0.00003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  43.64 
 
 		 321 aa  48.1  0.00004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 78 aa  48.1  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0482  XRE family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0889934  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  29.07 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3344  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 374 aa  47.8  0.00005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.455978  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  31.03 
 
 		 115 aa  47.8  0.00005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 504 aa  47.4  0.00006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3127  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 374 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.81107  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3113  transcriptional regulator  45.1 
 
 		 374 aa  47.4  0.00006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.694615  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3019  DNA-binding protein; transcriptional regulator  45.1 
 
 		 374 aa  47.8  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.28018  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3373  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 374 aa  47.8  0.00006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.645168  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3347  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 374 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3349  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 374 aa  47.4  0.00006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.166445  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  37.7 
 
 		 200 aa  47  0.00008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3341  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 193 aa  47  0.00008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.272722  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3403  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 193 aa  47  0.00008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.234277 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3352  XRE family transcriptional regulator  35.85 
 
 		 193 aa  47  0.00008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.236659 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 107 aa  47  0.00009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1224  transcriptional regulator, XRE family  41.54 
 
 		 94 aa  47  0.00009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.0000350167  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0631  hypothetical protein  34.43 
 
 		 73 aa  46.2  0.0001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1318  transcriptional regulator, XRE family  31.96 
 
 		 135 aa  46.6  0.0001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 142 aa  46.2  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  40 
 
 		 201 aa  46.2  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4209  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 194 aa  45.4  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.940435  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2697  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  43.28 
 
 		 374 aa  45.4  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0826  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 96 aa  45.4  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000131659  unclonable  0.000000470251 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3326  DNA-binding protein  45.1 
 
 		 374 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3051  XRE family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 242 aa  46.2  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0338218  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  37.7 
 
 		 301 aa  45.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  38.98 
 
 		 495 aa  46.2  0.0002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2644  transcriptional regulator, XRE family  36.71 
 
 		 474 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  42.62 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2111  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 380 aa  46.2  0.0002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2024  putative transcriptional regulator, XRE family  34.52 
 
 		 286 aa  45.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8227  transcriptional regulator, XRE family  33.05 
 
 		 165 aa  45.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.556785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0594  transcriptional regulator, XRE family  40 
 
 		 117 aa  45.1  0.0003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 281 aa  45.4  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0148  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 134 aa  45.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0731  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  40.32 
 
 		 315 aa  45.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 		 194 aa  44.7  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4443  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1666  transcriptional regulator, XRE family  39.44 
 
 		 205 aa  44.7  0.0004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  0.00224482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1878  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 70 aa  44.7  0.0004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4258  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4094  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4493  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4105  transcriptional regulator  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4590  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4442  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  40.82 
 
 		 180 aa  44.7  0.0004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0755  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1538  XRE family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 374 aa  44.7  0.0004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  40 
 
 		 67 aa  45.1  0.0004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4481  DNA-binding protein  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  29.66 
 
 		 206 aa  45.1  0.0004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  28.04 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  30 
 
 		 129 aa  44.7  0.0005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 131 aa  44.3  0.0005  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  32.26 
 
 		 258 aa  44.7  0.0005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3080  XRE family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 181 aa  44.7  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.995144  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0079  DNA-binding protein  38.18 
 
 		 191 aa  44.3  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0952  XRE family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 185 aa  44.3  0.0006  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0264927 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 112 aa  44.3  0.0006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>