170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_4271 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 
125 aa  252  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  96.8 
 
 
125 aa  245  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  69.83 
 
 
125 aa  171  3.9999999999999995e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  69.3 
 
 
131 aa  160  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3114  XRE family transcriptional regulator  65.83 
 
 
120 aa  155  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  67.57 
 
 
126 aa  152  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  67.57 
 
 
142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0843  XRE family transcriptional regulator  66.39 
 
 
130 aa  151  2.9999999999999998e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1245  XRE family transcriptional regulator  64.35 
 
 
127 aa  140  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.664422  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1891  XRE family transcriptional regulator  56.2 
 
 
121 aa  127  6e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195255  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3488  XRE family transcriptional regulator  55.17 
 
 
126 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  49.12 
 
 
131 aa  111  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3601  XRE family transcriptional regulator  50.47 
 
 
124 aa  90.9  6e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.000201761  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4677  transcriptional regulator, XRE family  38.84 
 
 
120 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4662  hypothetical protein  35.64 
 
 
119 aa  57.8  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.700483  normal  0.0309667 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  34.31 
 
 
137 aa  56.2  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0148  transcriptional regulator, XRE family  35.51 
 
 
134 aa  55.5  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  37.62 
 
 
115 aa  52.8  0.000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1318  transcriptional regulator, XRE family  45.45 
 
 
135 aa  50.8  0.000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  41.1 
 
 
78 aa  51.2  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4613  helix-turn-helix domain-containing protein  40.68 
 
 
113 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0482  XRE family transcriptional regulator  36.17 
 
 
125 aa  50.4  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0889934  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4592  helix-turn-helix domain protein  40.68 
 
 
113 aa  50.8  0.000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  30.53 
 
 
468 aa  50.1  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1745  XRE family transcriptional regulator  27.36 
 
 
126 aa  49.3  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000375519  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2460  XRE family transcriptional regulator  31.25 
 
 
142 aa  49.3  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0113682  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2791  XRE family transcriptional regulator  27.83 
 
 
139 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 
61 aa  48.5  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0418  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.36 
 
 
113 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00527482  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0432  prophage LambdaBa04, DNA-binding protein  36.36 
 
 
113 aa  48.1  0.00004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000371645  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0916  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 
115 aa  47  0.00009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1613  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 
470 aa  46.6  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.1413  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0826  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 
96 aa  46.2  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.000131659  unclonable  0.000000470251 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  41.38 
 
 
67 aa  47  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7274  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 
79 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.21577  normal  0.150525 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3148  XRE family transcriptional regulator  22.95 
 
 
135 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2601  putative transcriptional regulator  38.89 
 
 
127 aa  46.6  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0680466  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6148  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 
284 aa  46.6  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.171229 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1557  Cro/CI family transcriptional regulator  40.35 
 
 
470 aa  46.6  0.0001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3929  hypothetical protein  40.35 
 
 
483 aa  46.6  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5052  XRE family transcriptional regulator  22.95 
 
 
135 aa  46.2  0.0001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.514325  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1435  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000395729  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1393  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111718  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1333  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.248023  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1195  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00148794  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1174  transcriptional regulator  36.36 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1176  transcriptional regulator  36.36 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000910939  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1292  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00598951  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07480  helix-turn-helix domain protein  32.26 
 
 
301 aa  46.2  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.961759  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26020  predicted transcriptional regulator  38.98 
 
 
200 aa  46.2  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.676624  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  37.7 
 
 
200 aa  45.8  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1371  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000100854 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1197  XRE family transcriptional regulator  36.36 
 
 
107 aa  45.8  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0325651  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6541  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 
118 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0214  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
131 aa  45.1  0.0003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  37.93 
 
 
68 aa  45.4  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1912  helix-turn-helix domain protein  33.87 
 
 
258 aa  45.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.978099  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2759  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
278 aa  44.7  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.468237  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1750  XRE family transcriptional regulator  30.14 
 
 
129 aa  44.7  0.0004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00805015  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1926  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
170 aa  44.7  0.0004  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3317  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 
281 aa  44.7  0.0004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000786405  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  42 
 
 
96 aa  45.1  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0818  transcriptional regulator  40 
 
 
469 aa  44.7  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  36.21 
 
 
69 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 
69 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0310  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 
474 aa  44.7  0.0005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 
135 aa  44.7  0.0005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0995  transcriptional regulator, XRE family  47.17 
 
 
72 aa  44.3  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.651052 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0109  hypothetical protein  42.11 
 
 
482 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.07895 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1003  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 
107 aa  44.3  0.0005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.77905  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4011  transcriptional regulator SinR  36.36 
 
 
107 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0025622  hitchhiker  0.000000000000530943 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 
69 aa  44.7  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  35.94 
 
 
101 aa  44.3  0.0006  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1248  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.21 
 
 
267 aa  44.3  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0799  hypothetical protein  28.78 
 
 
475 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.997092 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0630  helix-turn-helix domain protein  33.01 
 
 
139 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10472  transcriptional regulator  36.36 
 
 
474 aa  44.3  0.0006  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1288  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
295 aa  44.3  0.0006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.153102  normal  0.2669 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2430  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 
276 aa  43.9  0.0008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  36.36 
 
 
475 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0406  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 
469 aa  43.5  0.0009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  42.11 
 
 
475 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  32.32 
 
 
466 aa  43.5  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  42.11 
 
 
475 aa  43.5  0.0009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3195  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 
80 aa  43.5  0.0009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0958967  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 
189 aa  43.1  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0908  XRE family transcriptional regulator  37.31 
 
 
121 aa  43.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  37.7 
 
 
67 aa  43.1  0.001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  39.19 
 
 
191 aa  43.1  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  42.86 
 
 
188 aa  43.1  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1479  putative prophage repressor  35.09 
 
 
206 aa  43.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.734418  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0761  hypothetical protein  34.72 
 
 
475 aa  43.5  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2266  helix-turn-helix domain protein  35.71 
 
 
109 aa  43.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0639842 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  28.05 
 
 
123 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0703  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 
84 aa  43.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00000971993  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2256  transcriptional regulator, XRE family  32.29 
 
 
117 aa  43.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  42.86 
 
 
176 aa  43.1  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1744  transcriptional regulator, XRE family  43.75 
 
 
235 aa  43.1  0.001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.571892  normal  0.738269 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1027  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 
321 aa  43.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3985  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 
279 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0640193  normal  0.244933 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>