70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1245 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1245  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
127 aa  252  1.0000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.664422  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0843  XRE family transcriptional regulator  65.85 
 
 
130 aa  163  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2077  hypothetical protein  62.6 
 
 
126 aa  161  3e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1891  XRE family transcriptional regulator  65 
 
 
121 aa  161  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.195255  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1998  hypothetical protein  72.73 
 
 
142 aa  160  7e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.846621  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3114  XRE family transcriptional regulator  62.28 
 
 
120 aa  152  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4271  transcriptional regulator, XRE family  61.98 
 
 
125 aa  148  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.313399 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3945  transcriptional regulator, XRE family  62.81 
 
 
125 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3219  XRE family transcriptional regulator  57.26 
 
 
125 aa  144  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0012  transcriptional regulator  57.98 
 
 
131 aa  139  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.388282  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3488  XRE family transcriptional regulator  63.64 
 
 
126 aa  134  3.0000000000000003e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2894  XRE family transcriptional regulator  51.75 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3601  XRE family transcriptional regulator  55.14 
 
 
124 aa  104  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.000201761  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4677  transcriptional regulator, XRE family  43.68 
 
 
120 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  29.32 
 
 
137 aa  56.6  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0985  DNA binding protein  38.04 
 
 
115 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000123712  unclonable  0.0000012964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4662  hypothetical protein  33.33 
 
 
119 aa  50.1  0.000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.700483  normal  0.0309667 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  34.71 
 
 
468 aa  49.7  0.00001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0712  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 
504 aa  45.8  0.0002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  28.46 
 
 
255 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0924  transcriptional regulator, XRE family  48.98 
 
 
505 aa  45.4  0.0003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0584  transcriptional regulator  38.98 
 
 
495 aa  45.4  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  38.98 
 
 
489 aa  45.1  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  38.98 
 
 
490 aa  44.3  0.0005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3669  transcriptional regulator, XRE family  27.52 
 
 
466 aa  44.3  0.0006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0168  transcriptional regulator, XRE family  54.05 
 
 
86 aa  44.3  0.0006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4592  helix-turn-helix domain protein  31.82 
 
 
113 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4613  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 
113 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 
256 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 
252 aa  43.5  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_2954  transcriptional regulator, XRE family  40.91 
 
 
223 aa  43.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000000401895  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2489  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 
478 aa  43.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00109484  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7277  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 
189 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3096  transcriptional regulator, XRE family  26.5 
 
 
477 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0517  DNA-binding protein  37.5 
 
 
67 aa  42.4  0.002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00223122 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3324  Cro/CI family transcriptional regulator  40.98 
 
 
212 aa  42.7  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0482  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 
125 aa  42.7  0.002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0889934  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  36.54 
 
 
67 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0851  transcriptional regulator  37.88 
 
 
114 aa  42.4  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.36492e-16 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3197  transcriptional regulator, XRE family  26.5 
 
 
477 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5430  putative transcriptional regulator, XRE family  28.83 
 
 
169 aa  42  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1430  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 
490 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.236575  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2210  putative DNA-binding protein  36.84 
 
 
61 aa  42  0.003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  46.94 
 
 
112 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0543  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 
71 aa  41.6  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2125  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
104 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2171  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
104 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.864046  normal  0.421103 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2112  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
104 aa  41.6  0.004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0670515 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1649  XRE family transcriptional regulator  25 
 
 
181 aa  41.2  0.004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.176921  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 
194 aa  41.2  0.005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  40.38 
 
 
140 aa  41.2  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1781  DNA-binding protein  24.11 
 
 
181 aa  40.8  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5338  transcriptional regulator, XRE family  37.29 
 
 
503 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.81894 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1745  XRE family transcriptional regulator  26.21 
 
 
126 aa  40.8  0.006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000375519  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1650  DNA-binding protein  24.11 
 
 
181 aa  40.8  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000412674  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2386  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 
159 aa  40.8  0.007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.256982  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1795  DNA-binding protein  24.11 
 
 
181 aa  40.8  0.007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0551  transcriptional regulator, XRE family  30.38 
 
 
198 aa  40.8  0.007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0207  transcriptional regulator, XRE family  39.39 
 
 
106 aa  40.4  0.008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000425004  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  37.93 
 
 
61 aa  40.4  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1548  hypothetical protein  50 
 
 
154 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.115778  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1629  MerR family transcriptional regulator  24.11 
 
 
181 aa  40.4  0.009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000044317  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0148  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 
134 aa  40.4  0.009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  47.37 
 
 
504 aa  40.4  0.009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4027  hypothetical protein  51.35 
 
 
127 aa  40.4  0.009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1854  DNA-binding protein  24.11 
 
 
181 aa  40  0.01  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.653009  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4623  putative transcriptional regulator, XRE family  38.36 
 
 
197 aa  40  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.155979 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1906  DNA-binding protein  24.11 
 
 
181 aa  40  0.01  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0011859  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3546  DNA-binding protein  24.11 
 
 
181 aa  40  0.01  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20950  putative prophage repressor  31.15 
 
 
200 aa  40  0.01  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000578065  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>