121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0683 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 239 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3859  hypothetical protein  65.97 
 
 		 233 aa  327  7e-89  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  35.48 
 
 		 106 aa  56.2  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 113 aa  51.6  0.00001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 118 aa  49.7  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 97 aa  49.3  0.00005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 179 aa  49.3  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 179 aa  49.3  0.00006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 77 aa  48.9  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4781  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 113 aa  48.9  0.00007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00061071  normal  0.699893 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 175 aa  48.9  0.00007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4788  transcriptional regulator, XRE family  26.92 
 
 		 114 aa  48.5  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000000200631  normal  0.763075 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 181 aa  48.5  0.00009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 181 aa  48.5  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  34.33 
 
 		 188 aa  48.1  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 109 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 181 aa  48.1  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4415  XRE family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 213 aa  47.8  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  37.7 
 
 		 245 aa  47.8  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 176 aa  47.8  0.0002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.21 
 
 		 97 aa  47.4  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  29.07 
 
 		 236 aa  46.6  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 179 aa  46.6  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4152  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 191 aa  46.6  0.0004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3407  transcriptional regulator, XRE family  29.33 
 
 		 192 aa  46.6  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 101 aa  45.8  0.0005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  34.92 
 
 		 180 aa  45.8  0.0005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 189 aa  46.2  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 260 aa  45.8  0.0006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.25 
 
 		 188 aa  45.8  0.0006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 140 aa  45.4  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 67 aa  45.8  0.0007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  32.39 
 
 		 107 aa  45.4  0.0008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  27.91 
 
 		 223 aa  45.4  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0229  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0893  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6018  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 233 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0594  DNA-binding protein  31.67 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  32.89 
 
 		 145 aa  44.7  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2078  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205935  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2743  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2690  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  40 
 
 		 119 aa  45.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2717  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2361  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0714  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0728  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2441  DNA-binding protein  30.3 
 
 		 222 aa  44.7  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0608  XRE family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 227 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2718  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 228 aa  45.1  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2607  XRE family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  30.68 
 
 		 105 aa  45.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0807  XRE family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 506 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3022  XRE family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 208 aa  43.9  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 490 aa  44.3  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34730  XRE family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 193 aa  43.9  0.002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0210921  normal  0.262574 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 98 aa  44.3  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6155  hypothetical protein  28.05 
 
 		 225 aa  43.9  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  hitchhiker  0.000659717 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 244 aa  43.9  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  31.15 
 
 		 178 aa  43.9  0.002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0898  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 179 aa  43.9  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4320  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.810122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  27.97 
 
 		 124 aa  44.3  0.002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  35.09 
 
 		 79 aa  43.9  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  31.75 
 
 		 71 aa  43.5  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 97 aa  43.5  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1543  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 359 aa  43.5  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  28.79 
 
 		 130 aa  43.5  0.003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7925  putative transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 199 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.421089 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3349  XRE family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 115 aa  43.5  0.003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.185008 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  28.38 
 
 		 513 aa  43.5  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 97 aa  43.1  0.003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0958  helix-turn-helix domain-containing protein  39.29 
 
 		 132 aa  43.1  0.003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5267  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 		 190 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.782951 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7005  transcriptional regulator, XRE family  38.18 
 
 		 212 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.89282 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2356  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 188 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.190302 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0750  transcriptional regulator, XRE family  33.77 
 
 		 181 aa  43.5  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0884701 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 179 aa  42.7  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0632  DNA-binding protein  36.67 
 
 		 181 aa  43.1  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.404047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1221  transcriptional regulator  18.78 
 
 		 468 aa  43.1  0.004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  0.453619 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1419  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 178 aa  42.7  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3316  transcriptional regulator, XRE family  36.21 
 
 		 60 aa  43.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000216063  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3684  transcriptional regulator, XRE family  29.79 
 
 		 180 aa  42.7  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000437538  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1378  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  37.1 
 
 		 481 aa  42.7  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.84072  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 203 aa  42.7  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  34.78 
 
 		 179 aa  42.7  0.005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  27.06 
 
 		 256 aa  42.7  0.005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 203 aa  42.7  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 203 aa  42.7  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3602  transcriptional regulator, XRE family  32.81 
 
 		 488 aa  42.7  0.005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0925  transcriptional regulator, putative  26.85 
 
 		 182 aa  42.7  0.006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 203 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 134 aa  42.4  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 203 aa  42.4  0.006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  27.63 
 
 		 194 aa  42.4  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0867  putative transcriptional regulator  26.85 
 
 		 182 aa  42.7  0.006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0318952  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 182 aa  42.7  0.006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 203 aa  42.7  0.006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0888  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 179 aa  42.4  0.006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000118183  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 252 aa  42.4  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>