125 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3859 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3859  hypothetical protein  100 
 
 		 233 aa  475  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  65.97 
 
 		 239 aa  327  7e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0802  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 106 aa  51.2  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.237035 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 101 aa  50.4  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2752  XRE family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 113 aa  50.8  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.272342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  40.98 
 
 		 368 aa  49.7  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  33.78 
 
 		 178 aa  50.1  0.00003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0710  putative prophage repressor  35.94 
 
 		 245 aa  50.1  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  37.7 
 
 		 175 aa  49.3  0.00005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  34.21 
 
 		 145 aa  49.3  0.00005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3536  helix-turn-helix domain protein  30 
 
 		 513 aa  48.5  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.948286 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 118 aa  47.8  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2259  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 255 aa  48.1  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00208232 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  29.35 
 
 		 256 aa  47.8  0.0001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 176 aa  48.1  0.0001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 105 aa  47.8  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  38.6 
 
 		 97 aa  48.1  0.0001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2434  transcriptional regulator, XRE family  32.26 
 
 		 77 aa  48.1  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 179 aa  47.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  30.86 
 
 		 179 aa  47.4  0.0002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 252 aa  46.6  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1021  DNA-binding protein  36.51 
 
 		 180 aa  46.6  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00000053147  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1349  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 97 aa  46.6  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 131 aa  46.6  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  24.12 
 
 		 436 aa  47  0.0003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  31.34 
 
 		 188 aa  46.2  0.0004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2559  transcriptional regulator, XRE family  34.92 
 
 		 71 aa  45.8  0.0005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  36.36 
 
 		 107 aa  45.8  0.0006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4549  hypothetical protein  32.93 
 
 		 236 aa  45.8  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.583352  normal  0.352226 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3681  transcriptional regulator, XRE family  32.79 
 
 		 109 aa  45.8  0.0006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 98 aa  45.4  0.0007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 255 aa  45.4  0.0007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 182 aa  45.4  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2039  transcriptional regulator, XRE family  31.15 
 
 		 187 aa  45.4  0.0007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.558818 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1507  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 260 aa  45.4  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00000450158  hitchhiker  0.000000420846 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2927  transcriptional regulator, XRE family  28.24 
 
 		 130 aa  44.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.298234 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2094  transcriptional regulator Cro/CI family protein  32.35 
 
 		 188 aa  44.7  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3180  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0336  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 140 aa  45.1  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  unclonable  0.000000000838003  normal  0.0169736 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5159  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 134 aa  45.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5700  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00441066 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 244 aa  44.3  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5322  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.869737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 182 aa  44.7  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4537  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.7  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  38.1 
 
 		 67 aa  44.7  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6155  hypothetical protein  32.93 
 
 		 225 aa  44.7  0.001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  hitchhiker  0.000659717 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5702  transcriptional regulator, XRE family  39.66 
 
 		 124 aa  45.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2540  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4679  putative transcriptional regulator  37.7 
 
 		 180 aa  44.3  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1621  transcriptional regulator  35.48 
 
 		 146 aa  43.9  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0901  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 181 aa  43.9  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000108423 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 97 aa  43.9  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3201  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 78 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000878656  hitchhiker  0.0000000379296 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4971  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.110875  normal  0.347082 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1396  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 96 aa  43.9  0.002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 490 aa  43.9  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 182 aa  44.3  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 106 aa  44.3  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0092  XRE family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 210 aa  44.3  0.002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2728  XRE family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 189 aa  44.3  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2785  helix-turn-helix domain-containing protein  37.8 
 
 		 189 aa  44.3  0.002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2601  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 203 aa  43.9  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.512754  hitchhiker  0.000000366247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 97 aa  43.9  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1992  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 74 aa  44.3  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.979113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1727  XRE family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 191 aa  43.9  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.170715  normal  0.149129 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3114  XRE family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 203 aa  44.3  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.935644  normal  0.475898 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0012  Cro/CI family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 189 aa  43.1  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0556  MerR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 189 aa  43.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0410  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 516 aa  43.5  0.003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 181 aa  43.5  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  44.23 
 
 		 92 aa  43.5  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  31.88 
 
 		 191 aa  43.5  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0986  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 130 aa  43.1  0.003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4302  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 79 aa  43.5  0.003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.397769  normal  0.707115 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2327  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 189 aa  43.5  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0004  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  43.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2995  transcriptional regulator  31.88 
 
 		 191 aa  42.7  0.004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0735878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2335  putative phage repressor  39.13 
 
 		 245 aa  43.1  0.004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00049871  unclonable  0.0000000160936 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0893  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 110 aa  43.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00171565  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  33.85 
 
 		 366 aa  43.1  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0273  transcriptional regulator, XRE family  42.31 
 
 		 115 aa  43.1  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 182 aa  42.7  0.004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0020  transcriptional regulator, XRE family  43.1 
 
 		 291 aa  42.7  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0004  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1509  putative DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.221821  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2004  MerR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 178 aa  42.7  0.005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00158357  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0634  XRE family transcriptional regulator  47.22 
 
 		 475 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0647  hypothetical protein  47.22 
 
 		 475 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.385996 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1150  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.129822  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1430  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0004  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.278794  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0627  hypothetical protein  47.22 
 
 		 475 aa  42.7  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.995567  normal  0.329246 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0004  DNA-binding cupin domain-containing protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0005  DNA-binding protein  35.59 
 
 		 202 aa  42.7  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.792058  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 220 aa  42.4  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>