103 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2717 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2717  hypothetical protein  100 
 
 		 119 aa  241  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.570521 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4356  XRE family transcriptional regulator  54.87 
 
 		 114 aa  120  7e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.623586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 134 aa  50.4  0.000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 95 aa  49.3  0.00002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2877  transcriptional regulator, XRE family  38.16 
 
 		 207 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1864  XRE family transcriptional regulator  41.89 
 
 		 490 aa  48.9  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 204 aa  48.5  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0805  DNA-binding protein  35.87 
 
 		 224 aa  47.4  0.00006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.602444  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2435  transcriptional regulator, XRE family  32.69 
 
 		 105 aa  47.4  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2981  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 387 aa  47.4  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0023  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 108 aa  47.4  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.181624 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01392  predicted DNA-binding transcriptional regulator  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2212  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5157  XRE family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 107 aa  45.8  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086798  normal  0.235984 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0891  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 106 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1517  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1613  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2225  XRE family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.639128 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1740  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000189008  hitchhiker  2.35786e-17 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6747  XRE family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 115 aa  45.4  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2039  DNA-binding protein  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000824446  hitchhiker  5.01479e-19 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0488  transcriptional regulator, XRE family  45.61 
 
 		 84 aa  45.4  0.0002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.592265  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01402  hypothetical protein  36.99 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0284  XRE family transcriptional regulator  35.82 
 
 		 101 aa  45.4  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.214235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1345  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 209 aa  45.1  0.0003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0552  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 117 aa  45.1  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.747826 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0683  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 239 aa  45.1  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3135  transcriptional regulator, XRE family  29.63 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.317529  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4589  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 188 aa  44.7  0.0004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3450  transcriptional regulator protein-like protein  37.84 
 
 		 489 aa  44.7  0.0004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.18413 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 203 aa  44.7  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0076  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.196991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5244  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.664792  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5615  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.322287  normal  0.0794813 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4613  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 180 aa  44.3  0.0006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.101875  hitchhiker  0.00323798 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4268  transcriptional regulator, XRE family  38.46 
 
 		 188 aa  43.9  0.0007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0707  XRE family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 104 aa  43.9  0.0008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1956  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1009  XRE family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 170 aa  43.5  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000623644  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4894  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0958  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.704462  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0867  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0281  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  43.5  0.001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  39.71 
 
 		 225 aa  43.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4331  XRE family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 88 aa  43.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1555  putative transcriptional regulator  33.75 
 
 		 208 aa  43.5  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.602269  normal  0.341998 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0600  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 72 aa  42.7  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5444  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00345676  normal  1 
 
 
-
 
NC_011775  BCG9842_0009  HTH-type transcriptional regulator SinR  35.09 
 
 		 60 aa  43.5  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1696  transcriptional regulator, XRE family  33.72 
 
 		 371 aa  43.5  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.324356  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0498  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 84 aa  43.5  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.000229661  normal  0.0571144 
 
 
-
 
NC_002936  DET0086  hipB protein, putative  40.68 
 
 		 61 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1159  putative transcription regulator protein  40 
 
 		 182 aa  42.4  0.002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.109435 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  26.47 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1162  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3227  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 201 aa  42.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.792428  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1001  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1008  DNA-binding protein  41.67 
 
 		 187 aa  42.4  0.002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0890  XRE family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 77 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1446  transcriptional regulator, XRE family  35.87 
 
 		 191 aa  42.4  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1719  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 178 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.499876  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1556  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 178 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1292  transcriptional regulator, XRE family  27.78 
 
 		 110 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.020008  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 143 aa  42.4  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2484  transcriptional regulator, XRE family  35.94 
 
 		 67 aa  42.7  0.002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4208  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 129 aa  42  0.003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.629555  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0059  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 61 aa  41.6  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1783  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 178 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1722  transcriptional regulator, XRE family  36.84 
 
 		 185 aa  42  0.003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.185673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1818  helix-turn-helix domain protein  42.19 
 
 		 104 aa  42  0.003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0350108  decreased coverage  0.0000000000623016 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4003  transcriptional regulator, XRE family  41.07 
 
 		 61 aa  42  0.003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4931  transcriptional regulator, XRE family  30.43 
 
 		 187 aa  42  0.003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1460  molybdate metabolism transcriptional regulator  41.67 
 
 		 368 aa  41.6  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0791  XRE family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 214 aa  41.2  0.004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4776  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 111 aa  41.6  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0811435  normal  0.544838 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1725  transcriptional regulator, XRE family  34.43 
 
 		 145 aa  41.2  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2085  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 207 aa  41.2  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.323846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0524  XRE family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 67 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.138157  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  38.46 
 
 		 469 aa  40.8  0.006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5030  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 189 aa  40.8  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.938239  normal  0.565327 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1737  XRE family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 185 aa  41.2  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0635  transcriptional regulator, XRE family  36.92 
 
 		 198 aa  40.8  0.006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3951  helix-turn-helix domain protein  30.48 
 
 		 113 aa  40.8  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.211982 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0758  XRE family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 190 aa  40.8  0.007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1231  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 69 aa  40.4  0.007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0450833  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1982  XRE family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 175 aa  40.4  0.007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.623481  normal  0.364753 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0575  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_217  hypothetical protein  33.77 
 
 		 132 aa  40.8  0.007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1641  DNA-binding protein  37.29 
 
 		 137 aa  40.4  0.008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0652  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0596  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 75 aa  40.4  0.008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.128395  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0134  hypothetical protein  34.04 
 
 		 191 aa  40.4  0.008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0686  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000669096  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03585  transcriptional regulator  32.88 
 
 		 206 aa  40.4  0.008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0813  DNA-binding protein  33.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.371509  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0398  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 244 aa  40.4  0.009  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4808  hypothetical protein  36.11 
 
 		 223 aa  40.4  0.009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.463187 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2346  transcriptional regulator  40.35 
 
 		 215 aa  40  0.01  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1642  XRE family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 186 aa  40  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.065261  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2231  XRE family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 187 aa  40  0.01  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000245077 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>