219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hoch_4456 on replicon NC_013440
Organism: Haliangium ochraceum DSM 14365



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  100 
 
 		 147 aa  285  1e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6836  transcriptional regulator, XRE family  56.85 
 
 		 199 aa  150  5.9999999999999996e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  62.7 
 
 		 133 aa  130  3.9999999999999996e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4237  transcriptional regulator, XRE family  58.68 
 
 		 140 aa  119  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.55821  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0063  transcriptional regulator, XRE family  55.37 
 
 		 137 aa  102  2e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0973127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4304  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 		 131 aa  98.2  3e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.663644 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6461  transcriptional regulator, XRE family  68.06 
 
 		 137 aa  96.3  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5705  transcriptional regulator, XRE family  46.34 
 
 		 139 aa  94  6e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.712971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0579  transcriptional regulator, XRE family  60.87 
 
 		 70 aa  86.3  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00759938  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1224  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 79 aa  83.2  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0288237  hitchhiker  0.00260767 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0570  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 79 aa  83.2  0.000000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.532171 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1190  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 79 aa  82.4  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1091  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 79 aa  82  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0731  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 70 aa  77.4  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.228536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0677  transcriptional regulator, XRE family  53.62 
 
 		 70 aa  76.6  0.0000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2893  transcriptional regulator, XRE family  52.17 
 
 		 70 aa  75.5  0.0000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0147391  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6835  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 144 aa  72.8  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2822  transcriptional regulator, XRE family  57.38 
 
 		 80 aa  72.4  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.161107  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  44.9 
 
 		 120 aa  65.1  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6604  transcriptional regulator, XRE family  37.84 
 
 		 126 aa  63.2  0.000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.608837  normal  0.251603 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  42.86 
 
 		 119 aa  58.9  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2793  transcriptional regulator, XRE family  31.31 
 
 		 108 aa  57.4  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000000236555  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0267  XRE family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 118 aa  55.1  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.257195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  42.25 
 
 		 76 aa  53.5  0.0000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5790  XRE family transcriptional regulator  40.85 
 
 		 90 aa  50.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.902407  hitchhiker  0.00485473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2780  transcriptional regulator, XRE family  44.44 
 
 		 152 aa  50.8  0.000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0182016  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 106 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 115 aa  49.7  0.00001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3301  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 234 aa  49.7  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0540  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 90 aa  49.7  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.229999 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  36.51 
 
 		 255 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6378  XRE family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 165 aa  49.3  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2104  helix-turn-helix domain-containing protein  36.36 
 
 		 95 aa  48.9  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0694198  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 		 176 aa  48.5  0.00003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 188 aa  48.1  0.00004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0278  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 128 aa  47.8  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000672654  normal  0.646275 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3035  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 208 aa  47.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.348685 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0534  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 86 aa  47.8  0.00005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000443779  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0572  cupin 2 domain-containing protein  44.44 
 
 		 178 aa  47.8  0.00005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0697  transcriptional regulator, XRE family  36.62 
 
 		 151 aa  47.4  0.00006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2711  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 112 aa  47.4  0.00006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.256888  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1419  Cro/CI family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 142 aa  47.4  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3288  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 		 135 aa  47  0.00008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 252 aa  47  0.00008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  42.19 
 
 		 117 aa  47  0.00008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1135  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 99 aa  47  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3618  XRE family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 123 aa  46.6  0.0001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0794  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 101 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.382222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1892  transcriptional regulator, XRE family  34.78 
 
 		 89 aa  46.6  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.883347  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  45.16 
 
 		 210 aa  46.6  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1325  cupin 2 domain-containing protein  40 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3463  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2402  XRE family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 152 aa  45.8  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.314707  normal  0.620084 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2714  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 		 204 aa  45.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3593  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 76 aa  45.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.283454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0099  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 		 178 aa  45.8  0.0002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1971  XRE family transcriptional regulator  40.32 
 
 		 112 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.910423 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0058  transcriptional regulator, XRE family  39.34 
 
 		 112 aa  45.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0711688  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1868  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0841  XRE family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 129 aa  45.4  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000196105  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1992  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 95 aa  45.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2077  transcriptional regulator, XRE family  37.88 
 
 		 81 aa  45.1  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2304  XRE family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 131 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0985964 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0685  Cro/CI family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 179 aa  44.7  0.0004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0702  XRE family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000217339  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_277  DNA-binding protein  38.46 
 
 		 133 aa  44.7  0.0004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000765574  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0155  XRE family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 115 aa  44.7  0.0005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5955  transcriptional regulator, XRE family  39.06 
 
 		 81 aa  44.7  0.0005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4257  transcriptional regulator, XRE family  39.71 
 
 		 189 aa  44.3  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166003  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0025  putative DNA-binding protein  31.51 
 
 		 81 aa  44.7  0.0005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0532078  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 72 aa  44.7  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4032  prophage LambdaBa02, repressor protein  33.85 
 
 		 114 aa  44.3  0.0006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00194689  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2086  helix-turn-helix domain protein  32.39 
 
 		 327 aa  44.3  0.0006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0272363  normal  0.126806 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2483  transcriptional regulator, XRE family  29.09 
 
 		 143 aa  44.3  0.0006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0117  transcriptional regulator, XRE family  37.7 
 
 		 118 aa  44.3  0.0006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0336  DNA-binding protein, putative  38.46 
 
 		 133 aa  43.9  0.0008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00628261  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4806  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.04 
 
 		 203 aa  43.5  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0315  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 133 aa  43.5  0.0008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000138688  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5686  XRE family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 304 aa  43.9  0.0008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal  0.066363 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0075  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 73 aa  43.9  0.0008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3471  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 197 aa  43.9  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010715  Nther_2940  transcriptional regulator, XRE family  38.98 
 
 		 75 aa  43.5  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5935  transcriptional regulator, XRE family  37.5 
 
 		 67 aa  43.5  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0118  transcriptional regulator, XRE family  41.94 
 
 		 81 aa  43.5  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 		 256 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 118 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5003  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 191 aa  43.1  0.001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.10951 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3015  putative prophage repressor  44.83 
 
 		 227 aa  43.5  0.001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4110  XRE family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 212 aa  43.1  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.595211  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6366  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 191 aa  42.7  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0311191  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2505  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 220 aa  43.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1712  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 191 aa  42.7  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.526366  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1547  helix-turn-helix domain-containing protein  32.86 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0103504  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0776  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 123 aa  43.1  0.001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000212762  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4019  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 72 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0671372 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  44.64 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0931  transcriptional regulator, XRE family  33.85 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>