67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4172 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4172  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 95 aa  191  3e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00033088  normal  0.222427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0519  helix-turn-helix domain-containing protein  38.64 
 
 		 91 aa  61.6  0.000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.979703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1935  Cro/CI family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 102 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000287357 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1619  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 93 aa  58.2  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.126669  normal  0.702334 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2350  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 91 aa  57.4  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0716  DNA-binding protein  36.62 
 
 		 90 aa  53.1  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4630  transcriptional regulator, PbsX family  33.7 
 
 		 94 aa  52  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2246  hypothetical protein  36.14 
 
 		 117 aa  51.2  0.000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6378  PbsX family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 110 aa  48.9  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4162  XRE family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 98 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0682  XRE family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 97 aa  46.6  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 224 aa  46.2  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2380  DNA-binding protein  42.03 
 
 		 186 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.801132  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2325  helix-turn-helix domain-containing protein  30.95 
 
 		 98 aa  45.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  36.07 
 
 		 256 aa  45.1  0.0003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4240  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4252  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4400  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4740  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4333  XRE family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4633  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4617  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4456  transcriptional regulator, XRE family  40.68 
 
 		 147 aa  44.7  0.0004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4631  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4613  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.7  0.0005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0622  DNA-binding protein  35.35 
 
 		 190 aa  44.3  0.0005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.475485  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4760  DNA-binding protein  40.98 
 
 		 146 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2228  XRE family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 197 aa  44.3  0.0006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.386344  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2951  DNA-binding protein  40.58 
 
 		 186 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000726653  hitchhiker  0.00000000446905 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1481  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 97 aa  43.9  0.0008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.817787 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0903  helix-turn-helix domain-containing protein  34.33 
 
 		 255 aa  43.5  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.0000000193278  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0461  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 		 97 aa  43.5  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.171408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  41.82 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4210  XRE family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 106 aa  43.1  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0378977 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3530  transcriptional regulator, XRE family  35.38 
 
 		 97 aa  43.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.606022  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 69 aa  42.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2610  putative transcription regulator protein  31.33 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3445  XRE family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 76 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0664347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1284  helix-turn-helix domain protein  30.12 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2410  transcriptional regulator, XRE family  33.7 
 
 		 141 aa  42.4  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000774173  normal  0.481646 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  44.12 
 
 		 190 aa  42.7  0.002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4136  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 78 aa  42.7  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.527123  normal  0.419565 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2729  helix-turn-helix domain-containing protein  34.72 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.909696  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4468  Cro/CI family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 163 aa  42.7  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.125773 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2937  helix-turn-helix domain-containing protein  29.35 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.84966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1258  XRE family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1249  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 101 aa  42.7  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0411153 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3028  XRE family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 97 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.192066 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5877  transcriptional regulator, XRE family  35.53 
 
 		 133 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00666894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0029  transcriptional regulator, XRE family  35.9 
 
 		 85 aa  42  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1874  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 		 101 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2616  helix-turn-helix domain protein  33.33 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.220796  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2250  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2170  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.22299  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2414  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1139  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 232 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.483755  normal  0.0958639 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2432  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 186 aa  41.6  0.004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.164998 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2401  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 97 aa  41.2  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000242769  hitchhiker  0.0000223583 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31160  hypothetical protein  35.38 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000126154  unclonable  8.75499e-23 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2855  DNA-binding protein  35.62 
 
 		 107 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000899857  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2513  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 152 aa  41.2  0.005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00277307  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06215  hypothetical protein  36.92 
 
 		 68 aa  40.8  0.007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4288  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 297 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.492783  normal  0.641627 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1013  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 297 aa  40.4  0.008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0833138  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3365  DNA-binding protein  30.16 
 
 		 67 aa  40.4  0.009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1812  XRE family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 72 aa  40.4  0.009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.330526  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>