37 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3294 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_3294  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 114 aa  230  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.600359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2922  XRE family transcriptional regulator  85.96 
 
 		 114 aa  192  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.185418  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2733  helix-turn-helix domain-containing protein  34.95 
 
 		 115 aa  72  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000416248  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0921  XRE family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000830973  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2696  transcriptional regulator, XRE family  28.3 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2567  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  32.69 
 
 		 120 aa  55.8  0.0000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.375259 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2672  transcriptional regulator, XRE family  35.78 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000679525  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2231  transcriptional regulator, XRE family  39.68 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.268831  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0169  XRE family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 141 aa  51.2  0.000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2349  hypothetical protein  41.67 
 
 		 69 aa  50.1  0.00001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2247  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.85 
 
 		 119 aa  48.9  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.616763 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11300  predicted transcriptional regulator  41.94 
 
 		 197 aa  47.8  0.00005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0442  hypothetical protein  32.91 
 
 		 91 aa  47.8  0.00006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00012012  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00980  predicted transcriptional regulator  38.71 
 
 		 459 aa  44.3  0.0006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.224409  normal  0.709118 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2457  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 380 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1673  ABC transporter related  35.21 
 
 		 293 aa  43.5  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.000000000000539653  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5686  XRE family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 304 aa  43.5  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.884955  normal  0.066363 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2467  transcriptional regulator, XRE family  38.33 
 
 		 122 aa  43.5  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000461389  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0099  XRE-family DNA-binding domain-containing protein  36.84 
 
 		 296 aa  43.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2613  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 219 aa  42.7  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.629122 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1249  Cro/CI family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1358  XRE family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 286 aa  42.4  0.002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0000701954  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  34.25 
 
 		 503 aa  42.7  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1916  transcriptional regulator, XRE family  29.81 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0812721  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1922  transcriptional regulator, XRE family  31.43 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.243972  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2559  XRE family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 176 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.215741  normal  0.953855 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1000  transcriptional regulator, XRE family  41.43 
 
 		 504 aa  42  0.003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  25.33 
 
 		 137 aa  41.6  0.003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1096  Xre family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 362 aa  41.2  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0300761  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4855  XRE family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0078  hypothetical protein  31.88 
 
 		 73 aa  41.2  0.005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0036  helix-turn-helix domain-containing protein  36.21 
 
 		 289 aa  40.8  0.006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5294  transcriptional regulator, XRE family  40.32 
 
 		 194 aa  40.8  0.006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02050  predicted transcriptional regulator  31.18 
 
 		 201 aa  40.8  0.007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0960  DNA methyltransferase  36.07 
 
 		 70 aa  40.8  0.007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.143973  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 137 aa  40.4  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05170  hypothetical protein  31.25 
 
 		 436 aa  40  0.01  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.602534  normal  0.439559 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>