69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0127 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0127  DNA-binding protein  100 
 
 
104 aa  211  1.9999999999999998e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.797375  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4802  helix-turn-helix domain protein  28.12 
 
 
233 aa  55.8  0.0000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.329061  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1485  XRE family transcriptional regulator  41.54 
 
 
75 aa  54.3  0.0000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3812  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
78 aa  52.8  0.000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.497923 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0440  DNA-binding protein  43.08 
 
 
91 aa  50.4  0.000007  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000000000374773  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1301  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
96 aa  47  0.00009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.405872  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5389  XRE family transcriptional regulator  36.07 
 
 
70 aa  46.2  0.0001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.130054 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  28.41 
 
 
256 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0843  XRE family transcriptional regulator  32.31 
 
 
71 aa  45.8  0.0002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00421262 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5265  XRE family transcriptional regulator  24.18 
 
 
219 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4986  XRE family transcriptional regulator  24.18 
 
 
219 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4897  XRE family transcriptional regulator  24.18 
 
 
219 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1219  putative HTH-type transcriptional regulator  27.94 
 
 
75 aa  45.4  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.568152  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl455  Cro/CI family transcriptional regulator  34.43 
 
 
75 aa  45.4  0.0003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  1.33845e-27  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1228  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 
85 aa  45.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0130  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
78 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0877719  normal  0.647835 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3368  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
78 aa  45.1  0.0004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.101662 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0402  transcriptional regulator, XRE family  29.41 
 
 
189 aa  44.7  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.699228  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1158  XRE family transcriptional regulator  41.38 
 
 
179 aa  44.7  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  decreased coverage  0.00000119717  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1180  helix-turn-helix domain-containing protein  41.38 
 
 
179 aa  44.7  0.0005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000150819  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0586  XRE family transcriptional regulator  36.67 
 
 
134 aa  44.3  0.0005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2445  DNA-binding protein  31.87 
 
 
101 aa  44.7  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.153574  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0668  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
87 aa  44.3  0.0006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1500  hypothetical protein  35.85 
 
 
469 aa  44.3  0.0006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983319  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl067  Cro/CI family transcriptional regulator  30.16 
 
 
78 aa  44.3  0.0006  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1136  helix-turn-helix domain-containing protein  34.29 
 
 
77 aa  43.9  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0697  transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 
475 aa  43.9  0.0007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.280462  normal  0.896724 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00425  transcriptional regulator, XRE family protein  38.33 
 
 
67 aa  43.9  0.0008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0381282  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0713  ribulose-phosphate 3-epimerase  34.92 
 
 
81 aa  43.9  0.0008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.625561 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1668  transcriptional regulator, XRE family  31.52 
 
 
188 aa  43.5  0.0009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.580406  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1295  XRE family transcriptional regulator  24.47 
 
 
222 aa  42.7  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.419553 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1276  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 
69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1207  transcriptional regulator, XRE family  32.2 
 
 
69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.12255  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4724  hypothetical protein  36.14 
 
 
474 aa  43.5  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4694  XRE family transcriptional regulator  38.1 
 
 
224 aa  43.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.607677 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1193  helix-turn-helix domain-containing protein  32.2 
 
 
68 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.67349  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1147  XRE family transcriptional regulator  32.2 
 
 
69 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3033  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  35 
 
 
225 aa  42.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3308  transcriptional regulator  35.94 
 
 
187 aa  42.7  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.38656  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1414  XRE family transcriptional regulator  30.43 
 
 
179 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0298473 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3342  putative transcriptional regulatory protein  30.26 
 
 
87 aa  42.7  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0179651  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1785  helix-turn-helix domain-containing protein  36.67 
 
 
428 aa  41.6  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00231258  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2625  transcriptional regulator, XRE family  35 
 
 
217 aa  42  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1934  DNA-binding protein  34.83 
 
 
179 aa  41.2  0.004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2195  XRE family transcriptional regulator  36.23 
 
 
83 aa  41.6  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2521  XRE family transcriptional regulator  33.85 
 
 
86 aa  41.6  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2222  DNA-binding protein  34.83 
 
 
179 aa  41.6  0.004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2042  transcriptional regulator  30 
 
 
188 aa  41.6  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1941  transcriptional regulator  36.51 
 
 
225 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3250  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  40.38 
 
 
189 aa  41.2  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.653673  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0544  XRE family transcriptional regulator  32.43 
 
 
203 aa  41.2  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0371  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 
91 aa  41.2  0.005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.340091  normal  0.26916 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1527  transcriptional regulator, XRE family  38 
 
 
145 aa  40.8  0.006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2909  MerR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
292 aa  40.8  0.006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1655  helix-turn-helix domain protein  30.23 
 
 
194 aa  40.8  0.006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000652652  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3082  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 
91 aa  40.8  0.006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0924  anaerobic benzoate catabolism transcriptional regulator  38.16 
 
 
323 aa  40.8  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.325541  normal  0.296459 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  35.38 
 
 
252 aa  40.8  0.007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2924  XRE family transcriptional regulator  36.92 
 
 
204 aa  40.4  0.008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.705469  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4036  transcriptional regulator, XRE family  37.1 
 
 
84 aa  40.4  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.610056  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0299  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
71 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00000289962  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0101  XRE family transcriptional regulator  35.94 
 
 
71 aa  40.4  0.008  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000391644  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1799  transcriptional regulator, XRE family  27.54 
 
 
78 aa  40.4  0.008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1627  XRE family transcriptional regulator  32.86 
 
 
300 aa  40.4  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000332957  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1585  transcriptional regulator, XRE family  35.62 
 
 
124 aa  40.4  0.008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.772364  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3867  Cro/CI family transcriptional regulator  35.48 
 
 
75 aa  40  0.009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  32.94 
 
 
182 aa  40.4  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0980  XRE family transcriptional regulator  31.58 
 
 
181 aa  40  0.01  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000294477  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5514  XRE family transcriptional regulator  23.4 
 
 
222 aa  40  0.01  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.388539 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>