49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3226 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  94.58 
 
 		 443 aa  819    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  100 
 
 		 443 aa  891    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  37.47 
 
 		 441 aa  264  2e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 		 443 aa  263  6.999999999999999e-69  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  37.18 
 
 		 443 aa  262  1e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  33.44 
 
 		 565 aa  131  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5282  hypothetical protein  46.81 
 
 		 470 aa  99  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  26.39 
 
 		 478 aa  92.8  1e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2079  hypothetical protein  47.78 
 
 		 161 aa  91.7  2e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0491227  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0702  hypothetical protein  31.34 
 
 		 405 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.554394 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  30.14 
 
 		 418 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4409  hypothetical protein  29.56 
 
 		 473 aa  84.3  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2821  helix-turn-helix domain protein  40.86 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.803112  hitchhiker  0.00185272 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  41.75 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1336  hypothetical protein  28.79 
 
 		 556 aa  81.3  0.00000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0410246  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  48 
 
 		 475 aa  80.5  0.00000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0166  hypothetical protein  29.58 
 
 		 450 aa  78.6  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00671267  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5332  XRE family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 392 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0406632 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1136  XRE family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 282 aa  76.6  0.0000000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113401  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7352  hypothetical protein  33.73 
 
 		 518 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  28.63 
 
 		 497 aa  73.9  0.000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6759  putative HTH-type transcriptional regulator  28.14 
 
 		 427 aa  72.8  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2547  hypothetical protein  27.08 
 
 		 545 aa  70.1  0.00000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.441995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0275  hypothetical protein  29.18 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.484738  normal  0.794868 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4418  tetratricopeptide TPR_4  27.9 
 
 		 439 aa  63.5  0.000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3392  twin-arginine translocation pathway signal  29.95 
 
 		 479 aa  63.2  0.000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3050  hypothetical protein  27.37 
 
 		 437 aa  61.6  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4668  hypothetical protein  29.15 
 
 		 425 aa  61.6  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0523  XRE family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.503349 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9241  hypothetical protein  26.75 
 
 		 428 aa  56.6  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  34.12 
 
 		 460 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0163  hypothetical protein  34.51 
 
 		 505 aa  54.7  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 		 441 aa  54.3  0.000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6356  transcriptional regulator, XRE family  24.54 
 
 		 406 aa  53.9  0.000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6107  XRE family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 389 aa  53.5  0.000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0526222 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  29.65 
 
 		 453 aa  52.4  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3948  hypothetical protein  26.84 
 
 		 419 aa  51.6  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3931  hypothetical protein  27.18 
 
 		 445 aa  49.7  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00536629  normal  0.131737 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5071  hypothetical protein  29.71 
 
 		 403 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.105918  normal  0.0802572 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4244  formylmethionine deformylase  42.37 
 
 		 549 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.928565  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4891  hypothetical protein  24.49 
 
 		 444 aa  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5529  XRE family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 327 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  27.63 
 
 		 447 aa  47.8  0.0005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  33.81 
 
 		 487 aa  47  0.0007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  30.59 
 
 		 469 aa  45.8  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1749  hypothetical protein  26.6 
 
 		 107 aa  45.4  0.002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.558396  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1741  hypothetical protein  48 
 
 		 152 aa  44.7  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.331104  normal  0.0742911 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1130  hypothetical protein  25.88 
 
 		 443 aa  44.7  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.823409  normal  0.981294 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6286  putative HTH-type transcriptional regulator  32.81 
 
 		 472 aa  43.5  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>