76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1195 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  100 
 
 		 441 aa  905    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 397 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  34.5 
 
 		 449 aa  170  4e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  32.84 
 
 		 449 aa  164  4.0000000000000004e-39  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  33.54 
 
 		 478 aa  150  5e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  28.45 
 
 		 526 aa  139  1e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  29.04 
 
 		 447 aa  129  7.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  31.19 
 
 		 453 aa  127  5e-28  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  31.52 
 
 		 469 aa  121  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.94 
 
 		 452 aa  120  3.9999999999999996e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  29.54 
 
 		 487 aa  117  3e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  27.17 
 
 		 524 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  30.29 
 
 		 420 aa  114  3e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  31.77 
 
 		 467 aa  110  5e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  33.05 
 
 		 413 aa  108  2e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  29.08 
 
 		 432 aa  108  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  31.58 
 
 		 468 aa  107  5e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  25 
 
 		 429 aa  106  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  28.38 
 
 		 401 aa  104  3e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 412 aa  104  3e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  28.48 
 
 		 510 aa  102  2e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  30.45 
 
 		 477 aa  99  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  29.59 
 
 		 457 aa  98.2  3e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 461 aa  96.7  8e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  28.57 
 
 		 579 aa  91.7  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  29.66 
 
 		 311 aa  91.3  3e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  28.02 
 
 		 463 aa  88.6  2e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  29.74 
 
 		 444 aa  88.2  3e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  29.55 
 
 		 497 aa  82.8  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  24.86 
 
 		 507 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  27.71 
 
 		 474 aa  82  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  27.59 
 
 		 418 aa  81.6  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  26.36 
 
 		 433 aa  81.6  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  26.95 
 
 		 530 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 488 aa  77  0.0000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.22 
 
 		 515 aa  77  0.0000000000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  28.57 
 
 		 437 aa  75.5  0.000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  25.95 
 
 		 449 aa  71.2  0.00000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25.43 
 
 		 456 aa  69.3  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  25.68 
 
 		 398 aa  69.7  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  28.85 
 
 		 288 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  26.73 
 
 		 414 aa  69.7  0.0000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  26.9 
 
 		 460 aa  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  26.54 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4641  helix-turn-helix protein  27.86 
 
 		 331 aa  61.6  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.640764 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  24.27 
 
 		 537 aa  61.6  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  24.72 
 
 		 363 aa  60.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  24.61 
 
 		 460 aa  58.9  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  29.67 
 
 		 249 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  27.2 
 
 		 418 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  25 
 
 		 460 aa  55.1  0.000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3639  hypothetical protein  49.02 
 
 		 515 aa  53.5  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4489  hypothetical protein  29.44 
 
 		 440 aa  53.1  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.718463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  24.31 
 
 		 473 aa  52.8  0.00001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3081  XRE family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 81 aa  52  0.00002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1067  hypothetical protein  28.66 
 
 		 473 aa  51.6  0.00003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.119168  hitchhiker  0.00309173 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0597  hypothetical protein  28.62 
 
 		 475 aa  50.4  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2850  hypothetical protein  50.91 
 
 		 445 aa  49.3  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.431926  normal  0.395619 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0185  transcriptional regulator, XRE family  31.06 
 
 		 311 aa  49.3  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4607  hypothetical protein  25.81 
 
 		 369 aa  49.7  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  25.15 
 
 		 503 aa  48.5  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  24.81 
 
 		 443 aa  49.3  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0309  hypothetical protein  27.89 
 
 		 315 aa  48.9  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.71 
 
 		 444 aa  48.9  0.0002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  25 
 
 		 443 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  23.86 
 
 		 418 aa  47  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  25.41 
 
 		 431 aa  47  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2579  hypothetical protein  47.27 
 
 		 562 aa  46.6  0.0009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  25 
 
 		 502 aa  45.8  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1602  hypothetical protein  34.67 
 
 		 221 aa  45.8  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  25 
 
 		 346 aa  45.1  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  25.38 
 
 		 565 aa  45.1  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6759  putative HTH-type transcriptional regulator  24.7 
 
 		 427 aa  44.7  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0052  protein of unknown function DUF323  42.86 
 
 		 303 aa  43.9  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1336  hypothetical protein  25.61 
 
 		 556 aa  43.9  0.006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0410246  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  24.7 
 
 		 554 aa  43.5  0.007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.19709 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>