36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sare_1019 on replicon NC_009953
Organism: Salinispora arenicola CNS-205



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  100 
 
 
288 aa  565  1e-160  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  41.33 
 
 
363 aa  188  9e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  42.33 
 
 
418 aa  151  1e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  34.04 
 
 
403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4607  hypothetical protein  37.28 
 
 
369 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0264  hypothetical protein  34.94 
 
 
411 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2698  hypothetical protein  36.86 
 
 
514 aa  108  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.570232 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0250  XRE family transcriptional regulator  36.61 
 
 
335 aa  93.2  4e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0178702 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  33.93 
 
 
537 aa  79  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  30.03 
 
 
418 aa  74.3  0.000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  29.55 
 
 
473 aa  70.9  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.85 
 
 
441 aa  69.3  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  27.44 
 
 
484 aa  68.9  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  31.25 
 
 
431 aa  66.2  0.0000000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  29.7 
 
 
519 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  31.65 
 
 
503 aa  63.5  0.000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  28.12 
 
 
503 aa  61.6  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  28.37 
 
 
503 aa  60.5  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  31.54 
 
 
434 aa  59.3  0.00000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  30.69 
 
 
400 aa  57  0.0000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  28.94 
 
 
519 aa  56.6  0.0000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  30.14 
 
 
467 aa  53.9  0.000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.91 
 
 
452 aa  53.5  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  27.1 
 
 
526 aa  53.5  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  30.22 
 
 
449 aa  52.4  0.000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  27.99 
 
 
397 aa  52.4  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0917  hypothetical protein  24.54 
 
 
342 aa  50.8  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  26.87 
 
 
510 aa  51.2  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  26.25 
 
 
457 aa  47.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  26.17 
 
 
432 aa  47.4  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  30.52 
 
 
468 aa  47  0.0004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  27.09 
 
 
478 aa  47  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  28.35 
 
 
400 aa  46.6  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  28.84 
 
 
449 aa  46.2  0.0007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  28.12 
 
 
413 aa  44.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  24.79 
 
 
433 aa  42  0.01  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>