44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1827 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009921  Franean1_2840  hypothetical protein  76.19 
 
 
503 aa  726    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43612  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1827  hypothetical protein  100 
 
 
484 aa  964    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1829  hypothetical protein  57.17 
 
 
519 aa  504  1e-141  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.790785  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2626  hypothetical protein  54.42 
 
 
519 aa  457  1e-127  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  48.59 
 
 
503 aa  271  1e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2802  hypothetical protein  38.43 
 
 
537 aa  267  2.9999999999999995e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0917  hypothetical protein  51.91 
 
 
342 aa  242  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3995  hypothetical protein  67.2 
 
 
535 aa  232  1e-59  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  77.94 
 
 
346 aa  226  6e-58  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  35.03 
 
 
526 aa  225  2e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1817  hypothetical protein  76.81 
 
 
527 aa  221  1.9999999999999999e-56  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2698  hypothetical protein  34.24 
 
 
514 aa  176  6e-43  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.570232 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2699  hypothetical protein  59.7 
 
 
175 aa  161  3e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.979675  normal  0.518352 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0401  hypothetical protein  52.69 
 
 
181 aa  152  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1837  hypothetical protein  43.12 
 
 
509 aa  147  4.0000000000000006e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2378  hypothetical protein  62.61 
 
 
255 aa  147  6e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0868161 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  66.39 
 
 
565 aa  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2029  hypothetical protein  70.73 
 
 
148 aa  105  2e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.775035  normal  0.520928 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0510  helix-turn-helix domain-containing protein  32.62 
 
 
473 aa  102  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  31.8 
 
 
434 aa  102  1e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0895  putative DNA-binding protein  28.43 
 
 
503 aa  70.1  0.00000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  27.44 
 
 
288 aa  68.9  0.0000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6698  transcriptional regulator, XRE family  29.51 
 
 
412 aa  66.2  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142695 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2729  transcriptional regulator, XRE family  28.89 
 
 
431 aa  65.9  0.000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000809201  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  25.64 
 
 
418 aa  64.7  0.000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.69 
 
 
418 aa  63.2  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7529  transcriptional regulator, XRE family  32.18 
 
 
457 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381731  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4608  hypothetical protein  28.43 
 
 
363 aa  60.8  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1962  XRE family transcriptional regulator  26.59 
 
 
410 aa  60.8  0.00000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.622079 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5500  helix-turn-helix domain protein  30.6 
 
 
400 aa  60.1  0.00000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  unclonable  0.0000000165306  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  27.87 
 
 
554 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0264  hypothetical protein  27.56 
 
 
411 aa  53.5  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4607  hypothetical protein  28.12 
 
 
369 aa  53.1  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7489  hypothetical protein  26.74 
 
 
400 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0882714  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0163  hypothetical protein  36.21 
 
 
505 aa  52.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1662  hypothetical protein  25.91 
 
 
403 aa  49.3  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.387756  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  24.17 
 
 
412 aa  47.8  0.0004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  27 
 
 
488 aa  47  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0655  hypothetical protein  32.69 
 
 
181 aa  47  0.0009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.143096 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5975  hypothetical protein  32.41 
 
 
228 aa  46.6  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.718615  normal  0.151599 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
507 aa  46.2  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  28.29 
 
 
401 aa  45.8  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  24.29 
 
 
449 aa  44.7  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0340  tetratricopeptide domain-containing protein  32.39 
 
 
418 aa  44.7  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.469664  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>