52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2422 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  100 
 
 
510 aa  1021    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  37.76 
 
 
460 aa  206  7e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  34.09 
 
 
460 aa  180  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  34.31 
 
 
469 aa  168  2e-40  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  31.4 
 
 
452 aa  166  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  32.55 
 
 
447 aa  158  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  31.44 
 
 
478 aa  151  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  30.23 
 
 
453 aa  133  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  34.18 
 
 
467 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  31.24 
 
 
468 aa  129  8.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  30.99 
 
 
487 aa  125  1e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  29.93 
 
 
457 aa  113  9e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.27 
 
 
441 aa  105  1e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  29.64 
 
 
433 aa  104  4e-21  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  34.19 
 
 
413 aa  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  34.03 
 
 
579 aa  98.2  3e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  31.5 
 
 
463 aa  95.9  2e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  30.38 
 
 
524 aa  95.5  2e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  29.55 
 
 
449 aa  94.4  4e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  27.82 
 
 
449 aa  93.2  9e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  31.51 
 
 
477 aa  82.8  0.00000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.76 
 
 
432 aa  74.3  0.000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  29.55 
 
 
412 aa  73.9  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.13 
 
 
461 aa  72.4  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  28.7 
 
 
444 aa  70.1  0.0000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  25.34 
 
 
456 aa  68.6  0.0000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  30.18 
 
 
437 aa  68.6  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  25.07 
 
 
429 aa  65.9  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  25.51 
 
 
420 aa  64.3  0.000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  25.76 
 
 
460 aa  60.5  0.00000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  30.09 
 
 
530 aa  59.7  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  33.53 
 
 
474 aa  58.9  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  31.46 
 
 
515 aa  59.3  0.0000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  30.7 
 
 
397 aa  59.3  0.0000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6440  hypothetical protein  33.33 
 
 
311 aa  57.8  0.0000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.401535 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1019  hypothetical protein  26.87 
 
 
288 aa  57.8  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2597  hypothetical protein  25.12 
 
 
1238 aa  57.4  0.0000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0183256  normal  0.576788 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  29.7 
 
 
249 aa  51.6  0.00004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  25.34 
 
 
526 aa  51.2  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  24.31 
 
 
414 aa  49.3  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  27.31 
 
 
497 aa  47.8  0.0004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0013  hypothetical protein  30.66 
 
 
418 aa  47.4  0.0007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  33.72 
 
 
398 aa  47  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01940  hypothetical protein  23.66 
 
 
360 aa  46.2  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.705916 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  27.53 
 
 
401 aa  46.6  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
488 aa  45.4  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  36.36 
 
 
554 aa  45.1  0.003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  36.11 
 
 
507 aa  43.9  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  32.12 
 
 
441 aa  43.9  0.008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  32.12 
 
 
443 aa  43.5  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 
443 aa  43.5  0.009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7063  hypothetical protein  28.04 
 
 
811 aa  43.5  0.01  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>