62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_8777 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  100 
 
 
469 aa  922    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  41.78 
 
 
452 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  39.04 
 
 
453 aa  241  1e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  36.74 
 
 
447 aa  237  3e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  36.32 
 
 
468 aa  208  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  34.73 
 
 
478 aa  170  5e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  41.31 
 
 
413 aa  168  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  35.29 
 
 
467 aa  168  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  34.23 
 
 
510 aa  162  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 
463 aa  149  9e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  31.11 
 
 
457 aa  149  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  28.42 
 
 
487 aa  142  9e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  33.13 
 
 
461 aa  142  9.999999999999999e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  31.07 
 
 
579 aa  136  7.000000000000001e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  31.42 
 
 
441 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  35.54 
 
 
433 aa  127  5e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  31.29 
 
 
460 aa  121  3e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  33.99 
 
 
449 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  30 
 
 
460 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  34.77 
 
 
449 aa  117  6e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  30.85 
 
 
460 aa  110  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  29.55 
 
 
526 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  29.38 
 
 
524 aa  107  5e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  28.47 
 
 
456 aa  99  2e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  33.62 
 
 
432 aa  92.8  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  33.2 
 
 
444 aa  92.8  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  28.93 
 
 
530 aa  84.7  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 
412 aa  84.3  0.000000000000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  29.03 
 
 
397 aa  82.4  0.00000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  29.84 
 
 
474 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  28.67 
 
 
398 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  32.52 
 
 
249 aa  74.7  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  32.2 
 
 
497 aa  73.6  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  28.3 
 
 
420 aa  72.4  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  27.39 
 
 
477 aa  70.5  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  26.55 
 
 
401 aa  65.5  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2886  putative regulatory protein  31.16 
 
 
202 aa  60.8  0.00000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.00000113276  normal  0.634194 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.8 
 
 
515 aa  59.3  0.0000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  26.55 
 
 
437 aa  59.7  0.0000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  26.2 
 
 
503 aa  58.2  0.0000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  25.1 
 
 
502 aa  57.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0564  hypothetical protein  29.41 
 
 
554 aa  56.6  0.0000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.19709 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  26.07 
 
 
429 aa  56.6  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  30.11 
 
 
414 aa  55.1  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  26.53 
 
 
475 aa  52.4  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3947  hypothetical protein  37.04 
 
 
146 aa  52.4  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  26.98 
 
 
488 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4409  hypothetical protein  33.66 
 
 
473 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  28 
 
 
507 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.38 
 
 
444 aa  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6314  helix-turn-helix domain-containing protein  32.03 
 
 
443 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1022  XRE family transcriptional regulator  32.03 
 
 
441 aa  47.8  0.0004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.842716  normal  0.936661 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1397  hypothetical protein  31.29 
 
 
443 aa  47.4  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0166  hypothetical protein  34.21 
 
 
450 aa  47.4  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00671267  normal  0.080695 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0051  hypothetical protein  24.58 
 
 
565 aa  47  0.0008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5545  XRE family transcriptional regulator  31.5 
 
 
443 aa  45.8  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6759  putative HTH-type transcriptional regulator  27.94 
 
 
427 aa  45.8  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3226  hypothetical protein  31.82 
 
 
443 aa  45.4  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.407522 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  33.33 
 
 
346 aa  45.8  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2538  putative DNA-binding protein  27.39 
 
 
434 aa  43.9  0.006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1605  hypothetical protein  45.24 
 
 
116 aa  43.5  0.008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  27.87 
 
 
418 aa  43.1  0.01  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>