47 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2377 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2377  hypothetical protein  100 
 
 		 437 aa  883    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.169867 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  35.43 
 
 		 524 aa  153  5.9999999999999996e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  30.89 
 
 		 487 aa  126  9e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3968  hypothetical protein  32.72 
 
 		 457 aa  124  2e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0256959  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  28.29 
 
 		 460 aa  117  3.9999999999999997e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  29.29 
 
 		 456 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  30.33 
 
 		 478 aa  106  7e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3080  hypothetical protein  31 
 
 		 398 aa  105  1e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000201414 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5210  transcriptional regulator, XRE family  31.37 
 
 		 530 aa  102  2e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.035838  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3448  hypothetical protein  32.31 
 
 		 413 aa  98.6  2e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3992  putative regulatory protein  33.64 
 
 		 249 aa  93.2  7e-18  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  29.64 
 
 		 468 aa  92.8  1e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 441 aa  87  6e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0597  hypothetical protein  44.79 
 
 		 475 aa  84  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1270  hypothetical protein  26.67 
 
 		 497 aa  82.8  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.404033  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2899  hypothetical protein  32.06 
 
 		 467 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.285709  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4484  hypothetical protein  27.93 
 
 		 447 aa  80.5  0.00000000000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  28.38 
 
 		 432 aa  79.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1224  regulator  27.95 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.483288  normal  0.967223 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2422  hypothetical protein  30.18 
 
 		 510 aa  77.4  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0414042  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8297  hypothetical protein  29.43 
 
 		 452 aa  75.5  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  27.09 
 
 		 452 aa  73.6  0.000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1959  XRE family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 461 aa  72.8  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.24175 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  27.03 
 
 		 477 aa  70.5  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 		 449 aa  69.7  0.00000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1998  hypothetical protein  29.89 
 
 		 460 aa  68.6  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101502  normal  0.104668 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1244  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.18 
 
 		 515 aa  67.8  0.0000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14230  hypothetical protein  27.22 
 
 		 433 aa  65.9  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.413871  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8777  transcriptional regulator  26.55 
 
 		 469 aa  65.5  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.756748 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6883  putative transcriptional regulator  26.67 
 
 		 429 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0592787  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0125  XRE family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 412 aa  63.9  0.000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.97143 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  26.51 
 
 		 449 aa  63.5  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1653  XRE family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0453749  normal  0.0870716 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3993  hypothetical protein  40.83 
 
 		 346 aa  63.5  0.000000008  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.522345  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1073  hypothetical protein  29.65 
 
 		 579 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.542041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3660  putative transcriptional regulator  29.66 
 
 		 463 aa  62.8  0.00000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1131  hypothetical protein  41.57 
 
 		 491 aa  62.4  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2638  hypothetical protein  26.19 
 
 		 526 aa  60.8  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.316802  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07960  Helix-turn-helix protein  25.79 
 
 		 444 aa  59.3  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2498  XRE family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 474 aa  59.3  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.153795 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  27.15 
 
 		 401 aa  54.7  0.000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  29.94 
 
 		 502 aa  52  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3715  hypothetical protein  28.91 
 
 		 460 aa  50.8  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.000995808  normal  0.471663 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 507 aa  48.1  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0751  helix-turn-helix domain protein  22.96 
 
 		 414 aa  45.4  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0264  hypothetical protein  26.86 
 
 		 411 aa  44.3  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  29.07 
 
 		 461 aa  44.7  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>