32 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_1942 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013235  Namu_1942  hypothetical protein  100 
 
 
449 aa  895    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.251834  normal  0.229464 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5136  XRE family transcriptional regulator  30.75 
 
 
488 aa  154  2e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.033803 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2718  hypothetical protein  33.11 
 
 
452 aa  154  4e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.94605  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1379  XRE family transcriptional regulator  29.62 
 
 
507 aa  150  3e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.464445  normal  0.0167147 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2327  hypothetical protein  29.39 
 
 
502 aa  147  4.0000000000000006e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.576382  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4489  hypothetical protein  31.55 
 
 
440 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.718463  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0309  hypothetical protein  35.42 
 
 
315 aa  137  4e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3650  hypothetical protein  32.05 
 
 
461 aa  128  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0942983  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1195  putative transcriptional regulator  25.95 
 
 
441 aa  71.2  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1813  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  28.04 
 
 
444 aa  68.2  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7319  putative DNA-binding protein  32.41 
 
 
432 aa  61.6  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000491826  decreased coverage  0.00000000376274 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0334  hypothetical protein  23.4 
 
 
475 aa  57.8  0.0000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.663709  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0512  transcriptional regulator, XRE family  25.45 
 
 
401 aa  52.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9064  hypothetical protein  24.65 
 
 
431 aa  53.1  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2889  putative DNA-binding protein  25.21 
 
 
477 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0241549  normal  0.497135 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0597  hypothetical protein  28.46 
 
 
475 aa  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.720535  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1481  transcriptional regulator, XRE family  25.68 
 
 
427 aa  51.6  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.438769  normal  0.39369 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4090  twin-arginine translocation pathway signal  26.82 
 
 
503 aa  50.1  0.00007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4907  transcriptional regulator, XRE family  31.2 
 
 
433 aa  50.1  0.00009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00560  Helix-turn-helix protein  24.07 
 
 
456 aa  49.7  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0466  tetratricopeptide TPR_2  28.68 
 
 
449 aa  49.7  0.0001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.924549  normal  0.198291 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4805  hypothetical protein  26.16 
 
 
478 aa  48.9  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0850035  normal  0.646806 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0731  helix-hairpin-helix DNA-binding motif-containing protein  24.91 
 
 
418 aa  47.4  0.0005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00340964  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6151  putative transcriptional regulator  26.97 
 
 
449 aa  45.8  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0764047  normal  0.610732 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7352  hypothetical protein  23.26 
 
 
518 aa  45.8  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2547  hypothetical protein  23.55 
 
 
545 aa  45.8  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.441995  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1107  hypothetical protein  25.81 
 
 
468 aa  45.1  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.551011  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1710  transcriptional regulator, XRE family  27.23 
 
 
420 aa  44.7  0.003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.371639  normal  0.199479 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3099  transcriptional regulator, SARP family  37.08 
 
 
910 aa  44.7  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8001  hypothetical protein  25.05 
 
 
487 aa  44.3  0.005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3334  hypothetical protein  23.83 
 
 
524 aa  44.3  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.176126  hitchhiker  0.000765121 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0037  transcriptional regulator, XRE family  22.08 
 
 
460 aa  43.9  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>